建立浩罕的明格部落是16世紀從原金帳汗國南遷至河中的烏茲別克人的一系（1514年第一位統治者名阿爾丁別什）。這一時期在中亞，由自稱為烏茲別克人的金帳汗國末裔建立起的國家共有三個，除了浩罕汗國，其他兩個汗國都宣稱是昔班尼的後裔。在這三個汗國中，布哈拉汗國居於統治地位。

17世紀末，布哈拉汗國國勢衰微，其實際支配領地僅剩首都所在的河中地區的一部分。於是在費爾干納地區，信仰伊斯蘭神秘主義的和卓們開始了領地自治化。

大約1710年左右，費爾干納地區的明格部落首領沙魯克開始反抗宗教政權，並於1740年定都浩罕，建立了浩罕汗國，擺脫了布哈拉汗國的統治。在當時的時期，以民族獨立為目的而建國是很常見的。

浩罕汗國建立當初，國家較為弱小，經常受到位於天山山脈北麓地區的準噶爾汗國的侵略。1757年，清朝征服了準噶爾汗國，並於1759年鎮壓新疆南部的大小和卓之亂，控制了整個新疆地區，使得浩罕汗國和清朝在塔里木盆地的喀什地方直接接壤。一些從清朝統治地區逃亡的瓦拉貴族，以及之前統治塔里木盆地的和卓們開始流亡到浩罕汗國，使得浩罕汗國成為了清朝眼中的潛在威脅。

面對清朝將軍兆惠率領大軍的威脅，浩罕君主伊爾達娜向位於南面的阿卜達裡王朝（今阿富汗）國王艾哈邁德·沙·杜蘭尼求援未果，以確保其與新疆地區的通商權為條件，臣服於清廷，於1774年至1798年間為清朝的藩屬國。

確保了對新疆地區的貿易，這為之後浩罕汗國的經濟繁榮打下了基礎。同時作為清朝的保護國，軍事方面的壓力也大為減輕。這些條件使得浩罕汗國具備了擴大其領地的條件。

浩罕汗國的各代君主都積極僱傭原準噶爾軍隊中的主力—柯爾克孜族，作為僱傭兵和炮兵充實軍事力量。在18世紀末納爾布塔統治時期，終於完成了費爾干納地區的統一。

在近代中亞地區出現的三個汗國政權中，浩罕汗國是最後出現的。直到公元1709年，烏茲別克明格部首領、同樣出身於昔班家族後裔的沙魯赫比，利用布哈拉汗國在費爾干納的統治混亂之際，推翻了在察拉克城、馬爾格朗城一帶的宗教統治者，建立了明格王朝，由於其後裔阿卜杜爾噶裡木在位期間，新建了城池——浩罕，並遷都到那裡，因此，後來就稱呼這個政權為浩罕汗國。

浩罕雖然被稱為汗國，但它包括開國之君沙魯赫比在內的前幾位國君，為避免遭到布哈拉汗國的武力討伐，均遣使承認其為自己的宗主國，因此也都只能自稱伯克，直到近百年後的公元1805年，當時正四處擴張勢力的浩罕統治者愛裡木，才首次對外稱汗。

在明格王朝的早期階段，他們的國策是，一方面在布哈拉汗國、希瓦汗國等強大勢力面前，保持恭順、韜光養晦；另一方面對費爾幹納盆地及河中地區，其它弱小、孤立的勢力進行大力兼併，以壯大自身。到十八世紀中葉，浩罕已基本佔有整個費爾干納。

然而，這時來自東面的準噶爾人，已經先後打敗了吉爾吉斯和哈薩克人，開始威脅費爾干納。公元1745年，準噶爾汗噶爾丹策零以浩罕軍隊無故殺害他派去的探路之人的藉口，派遣色布騰和曼濟率三萬大軍討伐浩罕，準噶爾軍隊連續攻取奧什、馬爾格朗、安集延，逼近浩罕城，阿卜都噶裡木集中全城百姓、並調遣所有周邊部曲背城一戰，最終擊退準噶爾人，保住了政權。

幾年後，浩罕新君額爾德尼，乘布哈拉汗國被波斯阿夫沙爾王朝納迪爾沙摧殘後，國勢一蹶不振，曼吉特部首領穆罕默德•熱依穆篡位登基，無暇東顧之際，成功擺脫了布哈拉汗國的宗主國地位，浩罕向獨立賣出了最關鍵的一步。

也就在此時，清朝已經滅亡了強大一時的準噶爾汗國，且兆惠統帥的大軍因平定大、小和卓之亂，再次出現於中亞。驚恐不已的浩罕額爾德尼及其子那爾巴圖，積極聯絡布哈拉、希瓦、巴達赫尚各政治勢力，欲尊阿富汗杜蘭尼王朝艾哈邁德沙為盟主，組成聯軍對抗清朝。無奈艾哈邁德•杜蘭尼的興趣在於征服印度北部，為了免遭布哈拉汗國在背後的掣肘，反倒主動遣使向乾隆皇帝進貢，這樣以來，所謂的抗清聯盟頓時煙消雲散，浩罕也只得隨哈薩克、布魯特、巴達赫尚、博羅爾等，一起承認為“大清帝國的藩屬”。

經過一個短時間的蟄伏後，公元1799年，愛裡木登上了浩罕的王位，這位從小就桀驁不馴的年輕人，一直視伯克的稱號為恥辱。從他上臺到被國內宗教勢力謀害為止的12年中，幾乎每年都在發動對外戰爭，為了充分利用浩罕原本匱乏的人力資源，愛裡木實行全民皆兵的瘋狂政策，下令國內每一個能拿得起武器的人，都要隨時做好被政府徵調的準備，違者格殺勿論、沒收財產。連連的征伐勝利，使愛裡木毫不猶豫地在五年後公開稱汗，並對國內的宗教勢力大肆打擊，這使得他終究難逃被行刺的危險。

但愛裡木汗死後，浩罕對外征伐的步伐，並沒有停止，他的兄弟愛瑪爾繼續著窮兵黷武的擴張政策，與布哈拉汗國的邊境戰爭始終沒有結果；但透過與哈薩克人長達15次的拉鋸戰，浩罕終於把重鎮塔什干納入囊中，並由此開啟通向哈薩克草原的道路，1814年愛瑪爾親率軍隊大敗哈薩克諸部，攻佔突厥斯坦城，三年後浩罕的軍隊深入錫爾河下游，築阿克•美切克城。。。。在東北方面，浩罕採取不斷蠶食、摩擦的辦法，將日漸削弱的清朝駐軍排擠出去，逐步控制了遊牧於此的布魯特諸部。

至此，在兩位暴君兄弟:愛裡木汗和愛瑪爾汗時期，浩罕汗國達到了它的巔峰時期，這時它的版圖也是達到了擴張的極限。