因為科學家至今無法確認九層妖塔內部的構造和一些基本的清況，也就無法確認進入後會出現什麼不可控制的危險，而且在開發最上面兩層時的艱難程度和危險程度就告訴他們，如果繼續開發可能會面臨更大風險，付出更多的代價。

因為九層妖塔的實質是一個墓穴，誰都無法預測在低氧的環境下，人去世後的身體會發生怎樣的化學變化，內部的細菌會不會隨著時間的改變發生一些變異，這些細菌一但重新暴露在這樣的環境下，會不會對人有危害，當這些問題擺在科學家的面前，他們必須理性思考，為人民大眾考慮，現在未開發，不代表科學家已經停止對九層妖塔的研究，可能也是尋求一種更科學更安全的方法。

其次是九層妖塔存在的時代是中國古代比較繁華的盛唐時期，因此墓穴中可能存在一些對中國歷史具有研究意義的東西，面對這些貴重的文物，考古界也會更加的謹慎，是否會因為自己的冒失激進的開發方案造成文物的損失，開發前期需要進行大量的考證，有足夠把握才會行動。

還有一個比較大的自然影響因素就是地殼運動，因為九層妖塔有九層之深，而且還是一個墓穴結構，很容易在開發時導致塌陷，或者是因為人為開發的原因造成其抵禦地殼運動的能力減弱，在未完成開發時因地質原因，造成文物被掩埋土低，可能對中國歷史都有影響。總而言之就是目前挖掘條件不成熟，不可以冒然行動。