鹽鹼湖的演化過程與構造運動、區域氣候和環境變化都有密切關係。強烈的構造運動，形成山脈和裂谷，在這些山脈和裂谷中地勢相對較低的地方形成盆地，隨著進一步構造運動，盆地相對下降，水流匯聚到地勢低窪的區域，就形成湖泊。

湖泊形成初期，受區域溫溼氣候影響，湖泊水源充沛，水域寬闊，水體注入量超過蒸發量，湖水含鹽度較低，這一時期湖內生物繁盛，湖泊周圍植被茂密。隨著區域氣候逐漸變得乾旱，降雨量減少，光照充足，蒸發作用增強。在這種乾旱氣候影響下，湖盆水域開始收縮，此時湖盆仍能接收外緣山系水源的補給，所以湖水含鹽度依然較低。在乾旱氣候持續影響下，湖盆發生了深刻變化，水體蒸發量超過注入量，湖水不斷蒸發、濃縮，導致湖盆萎縮加劇，湖水含鹽度逐漸升高，此時鹽湖初步形成。湖水首先從表層開始變鹹，表層水因蒸發量大而濃縮，密度逐漸增大。由於白天溫度高、蒸發量大，可在表面保持較濃的鹹水。到了晚上，尤其是在冬季夜晚，溫度下降，鹽度高的表層水因密度大而下沉至底部，鹽度低而密度小的水上升至表層，如此天長日久，就形成了上部水體鹹而重，下部水體更鹹、更重的雙層結構。鹽湖水體的垂向迴圈也因此而減弱以至終止，造成底部缺氧。在這種高鹽度環境條件下，大部分生物無法存活，湖中生態以廣鹽性生物，如滷蟲、鹽藻、螺旋藻及嗜鹽細菌等構成的生物系統為主，適應正常鹽度的生物，如珊瑚、苔蘚、大部分腕足類等，全部絕跡。生物死亡後，遺體會下沉到下部高鹽度缺氧水體中，不易被降解，有利於有機質的儲存。

鹽湖發育末期，區域乾旱氣候加劇，外部水源補給遠遠不足，水體蒸發量大大超過注入量，湖水因蒸發濃縮鹽度逐漸增大甚至達到飽和狀態，湖水中的鹽類開始析出，湖泊周圍出現鹽灘。隨著湖水鹽度升高，鹽類按照溶解度從小到大依次析出，在湖泊底部形成同心圓狀的沉積現象，形態與牛眼相似，稱為牛眼構造。經歷了這一系列的演化過程後，鹽湖最終形成。

西藏鹼湖主要分佈在岡底斯山脈—念青唐古拉山脈以北的藏北高原鹽湖區，主要鹼湖有馬日錯、懂錯、蓬錯等。

鹹水湖的形成原因主要有兩種，一種是古代海洋的遺蹟；另一種是內陸河流的終點，由於這些湖泊都處於內陸地區，蒸發量比較大，所以河流帶來的礦物質就被濃縮了，所以變成了鹹水湖。鹹水湖裡含有各種鹽類沉積物，是注入湖泊的河流流域內各種鹽類溶解溶解於水體中被帶入湖泊的。