包括配料、裝袋、滅菌、接種、菌絲培養與轉色管理等步驟。
1.配料與裝袋、配製前1~2d，將雜木屑等硬質材料進行預溼，使其充分吸收水分。手工拌料時，培養料混合應先將少量石膏與麩皮拌勻，再與雜木屑混合拌勻，待乾料充分混合後，再將糖等易溶性輔料溶解於水，隨水一起拌入。如用攪拌機進行機械拌料，混合更加均勻，常採用裝袋機與扎口機同時進行香菇制袋，鏟料上機、裝袋、扎口、檢查沙眼、搬運上灶等流水作業。在確保塑膠袋不破裂的情況下，料袋儘量裝緊。拌料時培養料含水量控制在58％~60％為宜。當天拌料，當天裝袋和滅菌，避免培養料發酵酸化。香菇代料栽培常選用聚乙烯塑膠袋裝料，但採用高壓滅菌時應選用聚丙烯塑膠袋裝料。
2.滅菌與冷卻、香菇生產中多采用常壓蒸汽法滅菌。將料袋置於水泥或者鐵皮製成的滅菌灶內，或用蒸汽發生爐產生蒸汽通入碼好料袋的罩膜內，進行高溫滅菌。常壓滅菌時料袋不宜過多，料袋堆疊時注意預留一定的空隙，滅菌灶或罩膜底部4個角應預留排氣孔。滅菌開始用旺火，使溫度迅速上升達到97~100℃。保溫前底部4個角的排氣孔應開啟，讓水蒸氣將灶內或罩膜內的冷空氣排出。當整個灶內都充滿蒸汽，下部空間溫度達到97~100℃時，保溫12~16h，即可徹底滅菌。保溫時4個排氣孔應關小，留少量蒸汽排出即可。趁熱將料袋搬至冷卻室，料溫降至30℃以下即可接種。
3.接種接種過程必須嚴格按無菌操作要求進行，環境、工具及手等需要嚴格消毒。保持接種室及接種箱內外清潔，使用前將菌種和接種工具有序地放在箱內，衣帽和口罩掛在緩衝室衣帽鉤上，然後進行紫外線照射，同時採用專用氣霧消毒劑進行燻蒸消毒。接種通常在接種箱、接種室或接種帳中完成。接種前用75％的酒精棉球擦手、工具和瓶袋，防止交叉感染。接種時用酒精燈灼燒接種工具，棉塞、試管口、瓶口及袋口不離開火焰區。接種時應動作敏捷，配合默契。在已滅菌的料袋上，用打孔棒均勻地打直徑約1.5m、深2~2.5cm的接種穴，每個料袋打接種穴3~5個；秋栽香菇料袋較大，一般打9個接種穴分3個側面，每面3個；將打孔棒旋轉拔出，打孔後立即接種。菌種儘量成塊塞入接種穴，壓緊，略微凸起，避免接種穴汙染。多采用套袋進行接種穴封口，也可以採用蠟封口、膠布封口或紙膠封口。
4.菌絲培養、接種後至開始轉色前，稱為菌絲培養期，又稱為發菌期。菌絲培養期需要40~70d發菌期管理包括脫套袋、翻堆、清除染雜菌袋、刺孔、調節溫度和通風。在菌袋上刺孔可增加菌袋中含氧量，排除菌絲產生的二氧化碳，降低培養料中水分，促進菌絲生長和生理成熟，後期刺孔可使瘤狀物軟化，促進轉色。
當接種穴菌絲圈直徑達8cm左右時，脫去外層套袋。第1次刺孔在接種穴菌絲圈相互連線時進行，用約5cm長的鐵釘或竹籤在每個接種穴菌絲圈外沿以內2cm處刺孔4~6，深度1~1.5cm。第2次刺孔在菌絲剛長滿料袋後，在接種穴的另一面刺孔，每袋刺孔20~30個，深度為1~1.5cm。第3次刺孔又稱“放大氣”，秋栽鮮銷模式在脫袋前7~10d進行，孔深2cm，刺孔40~50個；秋栽花菇模式刺孔改用直徑0.5~0.7cm的尖頭鋼針或竹針，孔深3~5cm，刺孔40~60個；春栽模式常在將菌袋移至室外蔭棚越夏時進行；夏栽模式一般刺孔通氣2即可。
在菌棒表面形成瘤狀物之後，刺孔需沿瘤狀物外圍進行。刺孔後2~3d，呼吸代謝明顯加快，菌袋溫度快速上升，此時要注意控制溫度，避免燒菌爛袋。當環境溫度在28℃以上不能刺孔通氣，30℃以上嚴禁刺孔通氣。控制溫度是菌絲培養期管理的核心；尤其在脫套袋與刺孔後，更要注意防止高溫燒菌。發菌期間應經常翻堆，將菌袋位置互相對調，使菌袋均勻接觸光照，調節堆溫，促進菌絲均衡生長，結合翻堆清除染雜菌袋，經常通風換氣，保持空氣新鮮。
5.轉色管理、在適宜的環境條件下，香菇菌棒表面白色氣生菌絲倒伏後，分泌色素，形成一層棕褐色菌膜的過程，稱之為轉色。這層棕褐色菌膜具有保溫、保溼、避光和抗菌作用。轉色方法分為袋內自然轉色與脫袋集中轉色兩種。春栽香菇和秋栽花菇採用袋內自然轉色方式。春栽香菇需要較長時間的越夏管理，轉色在栽培袋內緩慢自然完成，需40~60d，刺孔通氣、翻堆及適當光照可促進均勻轉色；秋栽花菇採用不脫袋割口或保水膜出菇，袋內自然轉色，轉色管理與春栽香菇類似。
秋栽鮮香菇常採取菌棒脫袋，集中轉色。選擇集中脫袋轉色的時機非常重要，一般當菌棒表面瘤狀突起佔袋面的2/3時，菌棒由硬變軟，接種穴及袋壁出現少量褐變，菌棒質量較接種時下降15％以上，尤其是少數菌棒有零星菇蕾發生時，是脫袋轉色的最佳時機。脫袋菌棒集中轉色關鍵是調控好外界環境因子。脫袋後1~4d，罩緊薄膜，溫度18~23℃，溼度85％~90％。第5~6d，每天揭膜通風1~2次，每次20min，促使氣生菌絲倒伏，形成白色菌膜，並分泌色素。第7~8d，溫度控制在18~20℃，每天噴水1~2次，再蓋好薄膜保溼。第9~12d，溫度控制在15~20℃，每天噴水1次，通風0.5h，菌棒表面逐漸由淡棕黃色變為紅棕色。第13~15d，白天罩膜，早晚揭膜通風，白天溫度20~23℃，早晚降至13~16℃，此時菌棒表面逐步形成棕褐色有光澤的菌膜。轉色良好的菌棒表面菌膜厚薄適中，紅棕或棕褐色，並有光澤，無夾帶“白斑”。
包括配料、裝袋、滅菌、接種、菌絲培養與轉色管理等步驟。
1.配料與裝袋、配製前1~2d，將雜木屑等硬質材料進行預溼，使其充分吸收水分。手工拌料時，培養料混合應先將少量石膏與麩皮拌勻，再與雜木屑混合拌勻，待乾料充分混合後，再將糖等易溶性輔料溶解於水，隨水一起拌入。如用攪拌機進行機械拌料，混合更加均勻，常採用裝袋機與扎口機同時進行香菇制袋，鏟料上機、裝袋、扎口、檢查沙眼、搬運上灶等流水作業。在確保塑膠袋不破裂的情況下，料袋儘量裝緊。拌料時培養料含水量控制在58％~60％為宜。當天拌料，當天裝袋和滅菌，避免培養料發酵酸化。香菇代料栽培常選用聚乙烯塑膠袋裝料，但採用高壓滅菌時應選用聚丙烯塑膠袋裝料。
2.滅菌與冷卻、香菇生產中多采用常壓蒸汽法滅菌。將料袋置於水泥或者鐵皮製成的滅菌灶內，或用蒸汽發生爐產生蒸汽通入碼好料袋的罩膜內，進行高溫滅菌。常壓滅菌時料袋不宜過多，料袋堆疊時注意預留一定的空隙，滅菌灶或罩膜底部4個角應預留排氣孔。滅菌開始用旺火，使溫度迅速上升達到97~100℃。保溫前底部4個角的排氣孔應開啟，讓水蒸氣將灶內或罩膜內的冷空氣排出。當整個灶內都充滿蒸汽，下部空間溫度達到97~100℃時，保溫12~16h，即可徹底滅菌。保溫時4個排氣孔應關小，留少量蒸汽排出即可。趁熱將料袋搬至冷卻室，料溫降至30℃以下即可接種。
3.接種接種過程必須嚴格按無菌操作要求進行，環境、工具及手等需要嚴格消毒。保持接種室及接種箱內外清潔，使用前將菌種和接種工具有序地放在箱內，衣帽和口罩掛在緩衝室衣帽鉤上，然後進行紫外線照射，同時採用專用氣霧消毒劑進行燻蒸消毒。接種通常在接種箱、接種室或接種帳中完成。接種前用75％的酒精棉球擦手、工具和瓶袋，防止交叉感染。接種時用酒精燈灼燒接種工具，棉塞、試管口、瓶口及袋口不離開火焰區。接種時應動作敏捷，配合默契。在已滅菌的料袋上，用打孔棒均勻地打直徑約1.5m、深2~2.5cm的接種穴，每個料袋打接種穴3~5個；秋栽香菇料袋較大，一般打9個接種穴分3個側面，每面3個；將打孔棒旋轉拔出，打孔後立即接種。菌種儘量成塊塞入接種穴，壓緊，略微凸起，避免接種穴汙染。多采用套袋進行接種穴封口，也可以採用蠟封口、膠布封口或紙膠封口。
4.菌絲培養、接種後至開始轉色前，稱為菌絲培養期，又稱為發菌期。菌絲培養期需要40~70d發菌期管理包括脫套袋、翻堆、清除染雜菌袋、刺孔、調節溫度和通風。在菌袋上刺孔可增加菌袋中含氧量，排除菌絲產生的二氧化碳，降低培養料中水分，促進菌絲生長和生理成熟，後期刺孔可使瘤狀物軟化，促進轉色。
當接種穴菌絲圈直徑達8cm左右時，脫去外層套袋。第1次刺孔在接種穴菌絲圈相互連線時進行，用約5cm長的鐵釘或竹籤在每個接種穴菌絲圈外沿以內2cm處刺孔4~6，深度1~1.5cm。第2次刺孔在菌絲剛長滿料袋後，在接種穴的另一面刺孔，每袋刺孔20~30個，深度為1~1.5cm。第3次刺孔又稱“放大氣”，秋栽鮮銷模式在脫袋前7~10d進行，孔深2cm，刺孔40~50個；秋栽花菇模式刺孔改用直徑0.5~0.7cm的尖頭鋼針或竹針，孔深3~5cm，刺孔40~60個；春栽模式常在將菌袋移至室外蔭棚越夏時進行；夏栽模式一般刺孔通氣2即可。
在菌棒表面形成瘤狀物之後，刺孔需沿瘤狀物外圍進行。刺孔後2~3d，呼吸代謝明顯加快，菌袋溫度快速上升，此時要注意控制溫度，避免燒菌爛袋。當環境溫度在28℃以上不能刺孔通氣，30℃以上嚴禁刺孔通氣。控制溫度是菌絲培養期管理的核心；尤其在脫套袋與刺孔後，更要注意防止高溫燒菌。發菌期間應經常翻堆，將菌袋位置互相對調，使菌袋均勻接觸光照，調節堆溫，促進菌絲均衡生長，結合翻堆清除染雜菌袋，經常通風換氣，保持空氣新鮮。
5.轉色管理、在適宜的環境條件下，香菇菌棒表面白色氣生菌絲倒伏後，分泌色素，形成一層棕褐色菌膜的過程，稱之為轉色。這層棕褐色菌膜具有保溫、保溼、避光和抗菌作用。轉色方法分為袋內自然轉色與脫袋集中轉色兩種。春栽香菇和秋栽花菇採用袋內自然轉色方式。春栽香菇需要較長時間的越夏管理，轉色在栽培袋內緩慢自然完成，需40~60d，刺孔通氣、翻堆及適當光照可促進均勻轉色；秋栽花菇採用不脫袋割口或保水膜出菇，袋內自然轉色，轉色管理與春栽香菇類似。
秋栽鮮香菇常採取菌棒脫袋，集中轉色。選擇集中脫袋轉色的時機非常重要，一般當菌棒表面瘤狀突起佔袋面的2/3時，菌棒由硬變軟，接種穴及袋壁出現少量褐變，菌棒質量較接種時下降15％以上，尤其是少數菌棒有零星菇蕾發生時，是脫袋轉色的最佳時機。脫袋菌棒集中轉色關鍵是調控好外界環境因子。脫袋後1~4d，罩緊薄膜，溫度18~23℃，溼度85％~90％。第5~6d，每天揭膜通風1~2次，每次20min，促使氣生菌絲倒伏，形成白色菌膜，並分泌色素。第7~8d，溫度控制在18~20℃，每天噴水1~2次，再蓋好薄膜保溼。第9~12d，溫度控制在15~20℃，每天噴水1次，通風0.5h，菌棒表面逐漸由淡棕黃色變為紅棕色。第13~15d，白天罩膜，早晚揭膜通風，白天溫度20~23℃，早晚降至13~16℃，此時菌棒表面逐步形成棕褐色有光澤的菌膜。轉色良好的菌棒表面菌膜厚薄適中，紅棕或棕褐色，並有光澤，無夾帶“白斑”。