海瑞曾根據他在淳安的經驗寫《興革條例》，談論該地區的管理問題。 海瑞就任應天巡撫之後，立即頒佈《督撫憲約》，規定巡撫出巡各地，府、州、縣官一律不準出城迎接，也不準設宴招待。考慮到朝廷大員或許仍須稍存體面，他准許工作餐可以有雞、魚、豬肉各一樣，但不得供應鵝和黃酒，而且也不準超過伙食標準。這個標準是：物價高的地方紋銀三錢，物價低的地方兩錢，連蠟燭、柴火等開支也在上述數目之內。 海瑞在應天推行一條鞭法：將過去按地、戶、丁分別徵收實行、徵發徭役的賦役制度，改為按土地、人丁徵收貨幣與白銀；將過去由納稅戶輪流徵收解運改為官府自行徵收解運。把田賦、力役和其他雜稅合編為一條，統一按田畝核算徵收。原來按丁戶徵役的辦法一併改為攤入田畝。 在對待契約問題上，海瑞不顧明代法律規定與當時的國情，要求爭議的解決必須以書面契約為依據。因為當時農民間是很少使用書面契約來發生借貸關係的，致使法律的執行陷入了進退維谷的兩難境地。海瑞所批准贖還的僅佔全部典押借貸案件的二十分之一。在海瑞的治下，佃戶不敢向業主交租，借方不敢向貸方還款。 在斷案技巧上，海瑞不能明察秋毫，料事如神。對於那些疑案，他不是慎重調查，而是“與其冤屈兄長，寧願冤屈弟弟；與其冤屈叔伯，寧願冤屈侄子；與其冤屈貧民，寧願冤屈富民；與其冤屈愚直，寧願冤屈刁頑”。在爭產業的案件中，“與其冤屈小民，寧願冤屈鄉宦”；在爭言貌的案件中，“與其冤屈鄉宦，寧願冤屈小民”。