（1）會計核算的基礎不同

預算會計中，財政總預算會計和行政單位會計以收付實現製為會計核算基礎，事業單位會計根據單位實際情況，分別採用收付實現制和權責發生制。 企業會計均以權責發生製為會計核算基礎。

（2）會計要素構成不同

預算會計要素分為五大類：即資產、負債、淨資產、收入和支出。

企業會計要素分為六大類：即資產、負債、所有者權益、收入、費用和利潤。即使相同名稱的會計要素，其內容在預算會計與企業會計上也存在較大差異。

（3）會計等式不同

預算會計的會計等式為：資產=負債十淨資產；

企業會計的會計等式為：資產=負債十所有者權益。

（4）會計核算內容及方法有其特殊性

在預算會計中，固定資產一般應與固定基金相對應，固定資產不計提折舊；對外投資一般與投資基金相對應；對專用基金實行專款專用辦法；一般不實行成本核算，即使有成本核算，也是內部成本核算；沒有利潤及利潤分配的核算等。 企業會計中，固定資產計提折舊，進行成本核算。

(5)會計報表的內容不同

預算會計報表包括資產負債表、收入支出表、基建投資表、 附表及會計報表附註和收支情況說明書等；

企業會計報表包括資產負債表、利潤表、現金流量表、所有者權益變動表附表及會計報表附註和財務報告說明書。