第一，文化差異。秦國經過商鞅變法，嚴厲執行法家思想。蜀國被納入秦國之後，實行秦國的制度，一時之間難以適應。秦國的文化在蜀國會水土不服，秦國的官吏難以融入當地。

第二，秦國的高壓統治。對於巴蜀而言，秦國屬於侵略者，必然會引起當地的牴觸。秦國佔領蜀國之後，把蜀國變成糧倉，掠奪不少蜀國資源。

第三，民族矛盾。當時巴蜀人與秦華人，屬於不同民族。秦國的突然介入，改變原有的生活習俗。

秦軍在戰國時期是一支虎狼之師，在攻陷蜀國的過程中出現大規模的流血事件。

公元前316年，張儀、司馬錯伐蜀，蜀地併入秦國。秦惠王封公子通為“蜀侯”，陳莊擔任蜀相，張若擔任蜀郡守。蜀地受制於交通，山高皇帝遠，秦國中央政府對其掌控力度比較有限，故而只要稍有風吹草動，難免會發生叛亂。

我簡單地介紹一下秦國政府所任命的幾任蜀侯的命運。

秦惠王后元十四年（公元前311年），聚居於蜀地西南的部落丹犁向蜀侯稱臣。在這期間不知發生了什麼事，蜀侯（公子通）與蜀相（陳莊）兩個人發生嚴重的衝突，結果陳莊殺死公子通，遂據蜀而反。秦惠王去世後，繼位的秦武王派庶長甘茂連同張儀、司馬錯等人率軍隊入蜀，殺死蜀相陳莊，緊接著又征伐丹犁，平定了這場叛亂。

陳莊死後，秦武王以公子惲為蜀侯。公子惲擔任蜀侯共計七年，頗得秦王的信任。公元前301年，公子惲以蜀侯的名義祭祀山川，而後把祭祀的食物獻給秦昭王，但他沒曾料到，這居然招來了殺身之禍。原來是公子惲的後媽搞的鬼，她故意在公子惲進獻的食物裡下毒，等到秦昭王要吃時，阻攔說：“這些食物是從二千里外的蜀地送來的，吃之前要試一下。”秦昭王便把食物分予身邊的人，結果那人一吃便毒發身死。秦昭王大怒，派司馬錯入蜀，賜一把劍給公子惲，勒令他自裁。公子惲情知被陷害，難逃此劫，遂與妻子一同自殺。在這次事件中被誅殺的，還包括蜀侯的二十七名近臣。

公子惲死後，秦昭王封其子公孫綰為第三任蜀侯。

幾年後，公孫綰年長懂事，得知父親是無罪被人陷害獲誅，便查明真相，上報給朝廷。在秦昭王的同意下，公孫綰把父親公子惲的遺骸從城郊遷到城內，併為他立祠紀念。可是公孫綰最終的結局竟然與父親毫無二樣，在封侯十五年後，即公元前285年，多疑的秦昭王懷疑公孫綰有叛反之心，遂將他處死，並從此撤銷封侯，只保留了蜀守作為蜀地最高行政長官。

連續三任蜀侯都死於非命，這證明一件事：秦國政府寧可錯殺，也不願冒著丟失蜀地的風險。同時也可以看出，在王權社會，朝廷對地方諸侯總是抱著不信任的態度，因而到秦始皇統一六國後，果斷廢掉諸侯封建制，改用郡縣制。其實早在秦昭王時，連續誅殺兩任蜀侯，最後撤銷封國，便可以看出諸侯制已經不符合專制王權的需求了。

這個我們要講到，當時的秦國是藉助巴蜀的一場內亂才趁機佔領了巴蜀這個地方的，所以很多的人都不服。而且當時秦國在佔領那個地方之後對他們採取的是傀儡式的統治。

就像西周時期的郡國，還是有以前的皇室來統治，所以在當地保留了大量的自治權。在當時，只不過多了經常一些官員和軍隊而已。

還有一方面就是，先前早已對巴蜀地區不是單單的楚國，在眼睜睜地看著秦國先搶了他們的這塊肥肉，所以老是覺得心有不甘的。

所以他們就採取鼓動和扶持那些對秦國反感的人士，煽動他們藉機發動叛亂，已此來達到他們雙方共同的目的。

還有就是巴蜀地區，獨特的資源優勢，導致了很多秦國的官員來到這個地方之後，就被這個地方的農耕文化被深深的吸引了，他們也漸漸的想每天過著日出而作日落而息的安穩生活。

所以很多的秦華人，開始對秦國的軍功獎勵不感興趣了，所以他們開始親近那些巴蜀人，所以那些人參與騷亂有機率就會大增。

還有一點值得一提的是，秦國對每一次的動亂，都採取包容有態度，老是放過那些投降的巴蜀的豪強貴族，所以在每一次的平叛之後都會留有大量的殘餘勢力。

所以這樣的結果，就可想而知了。最後的秦國不得不重新審視他的統治方式，再來個殺雞儆猴，後來才逐漸穩固了對巴蜀的統治。