化學合成藥物要經過多步化學反應以及各種化學分離手段，純度能達到4個九，即99.99%；由於現階段化學原料價格飛漲；加上化學原料需要特殊車輛運送和隔離倉庫儲存，運輸成本、倉儲成本較高；化學合成人員也屬於特種操作人員，人力成本和職業健康成本都高。化學合成屬於高純度高成本作業。

生物酶合成屬於酶發酵和酶轉換，對生產作業和運輸、儲存環境要求較高，生成產物變數大，不確定性高，產物複雜，不會有單一高純度藥物。

通常情況下，生物酶合成的藥物成本高於化學合成藥物，這是因為生物酶合成的藥物基於天然產物的提取，加上構建生物反應器發酵的生產等等一系列的製備技術與工藝，複雜程度高於化學合成藥物，如紫杉醇的生產成本遠高於抗生素。價格差距也很大。但是化學合成藥物的純度又遠高於生物酶合成的藥物，當一種化學物質確定後，一定會有化學分子結構，有定性與定量的分析方法，隨著現代科技水平的不斷提高，製備方法可以將純度逐步提高，最高的純度可以達99％左右。而生物酶合成藥物一方面達不到這種純度，另一方面也沒有這方面的要求。

一般來說，我們無法考量生物合成和化學合成絕對成本高低。因為，每一種藥物不同，是需要不同的合成方法。

我們將從天然礦物、動植物中提取的有效成分，以及經過化學合成而製作出來的藥物，我們叫化學藥物。

利用微生物將藥物前體合成的藥物，我們叫生物合成的藥物。主要利用生物活性分子，如以各種酶為載體參與到合成中。

直接使用動植物，或者礦物質作為藥物，我們就叫天然藥物。最經典的就是中草藥了。

現在，在我們使用的大多數藥物來說，主要以化學合成為主。比如一般的抗生素，維生素，降壓藥等等。

而生物合成藥物主要有生物製劑如：應用DNA重組技術研製的胰島素、生長激素、促紅細胞生長素、促血小板生成素，都是這樣靠生物合成出來的藥物。

嚴格來說，化學合成藥物和生物合成藥物其實沒有明顯的界限，只不過傳統的化學合成工藝沒有生物活性的大分子比如蛋白質、核酸等，或者微生物的參與，而是透過人工設計的合成路線製備藥物。而生物合成藥物則是以經典的有機反應進行合成的生物技術引入。主要體現在於生物活性分子，如各種酶，參與到合成中。

當然，生物合成藥物最大的優勢在於反應的選擇性提高、反應條件更溫和、反應速率也有一定的提高，同時微生物參與的合成則更為便捷，產品的純度更高。成本不一定高，但是，因為技術更先進，產品賣的更貴而已。