簡單點答：有影響
詳細說一下吧：目前所有手機，系統目錄和儲存目錄是在同一個目錄下。
這裡舉個例子吧，稍微有些電腦知識的人都知道，Windows系統有一個碎片清理功能，為什麼要設定這個功能呢？？因為系統和軟體在應用的過程中都會產生資料，大部分應用資料都是在C盤根目錄下，這就造成C盤內的碎片檔案越來越多，所以系統就會變得越來越臃腫。臃腫你懂吧，走都走不動。於是電腦越用越慢。而磁碟碎片清理就是將這些碎片進行整理，讓把不必要的碎片處理掉或者系統會給它貼個標籤（不常用）從而減輕系統執行負擔。
而安卓系統也是一樣，由於系統目錄和儲存目錄都在同一個目錄下，軟體安裝和執行後產生的碎片都會留在系統目錄裡。這就造成了手機卡頓。就算解除安裝，也會留下很多解除安裝殘留。題主如果有心可以透過檔案管理器進行檢視，在你的手機根目錄下其實有很多你已經解除安裝了的，但是依然還存在的資料夾和檔案。這些資料夾和檔案不及時清理，就會拖慢手機的執行速度。
並沒有研究表明這樣對手機硬體有沒有損傷，但是我再舉個例子，在鹹魚上買顯示卡，很多人都不知道要怎麼買，生怕買到礦卡。啥叫礦卡呢？就是24*365小時滿載執行的顯示卡。我個人將網咖淘汰下來的顯示卡也稱之為礦卡。為啥礦卡不能買呢？你想啊，按照正常使用（每天4-5小時）來算，你這張卡的壽命可以達到3-5年甚至更高，礦卡呢，每天執行24小時不間斷，顯示卡累也都累死了。。。。
為啥舉這個例子呢？因為我認為手機也是一樣的，你一直讓手機揹著一大堆的碎片檔案執行，手機肯定累啊，肯定會縮短手機壽命啊！
敲了上面一大堆，我又仔細看了一下題主所問。我發現我跑題了。。。。
上面的不捨得刪，下面接著答。
程式後臺自執行，沒有前臺程式，題主你確定你下載的不是病毒麼？慎重啊！
如果是病毒，你是解除安裝不了的，就像我剛說的，你安裝了之後，他就自動在你手機裡駐紮了。你解除安裝的可能只是這個軟體的“表層”而其真正的本體可能已經進入手機內。要注意你的支付安全了啊題主！
還要提醒題主以及看到本問題的其他人：如果是下載軟體，請透過國內那些知名的應用商店下載，不要下載或安裝來路不明的軟體。以免對您的財產造成損害！
簡單點答：有影響
詳細說一下吧：目前所有手機，系統目錄和儲存目錄是在同一個目錄下。
這裡舉個例子吧，稍微有些電腦知識的人都知道，Windows系統有一個碎片清理功能，為什麼要設定這個功能呢？？因為系統和軟體在應用的過程中都會產生資料，大部分應用資料都是在C盤根目錄下，這就造成C盤內的碎片檔案越來越多，所以系統就會變得越來越臃腫。臃腫你懂吧，走都走不動。於是電腦越用越慢。而磁碟碎片清理就是將這些碎片進行整理，讓把不必要的碎片處理掉或者系統會給它貼個標籤（不常用）從而減輕系統執行負擔。
而安卓系統也是一樣，由於系統目錄和儲存目錄都在同一個目錄下，軟體安裝和執行後產生的碎片都會留在系統目錄裡。這就造成了手機卡頓。就算解除安裝，也會留下很多解除安裝殘留。題主如果有心可以透過檔案管理器進行檢視，在你的手機根目錄下其實有很多你已經解除安裝了的，但是依然還存在的資料夾和檔案。這些資料夾和檔案不及時清理，就會拖慢手機的執行速度。
並沒有研究表明這樣對手機硬體有沒有損傷，但是我再舉個例子，在鹹魚上買顯示卡，很多人都不知道要怎麼買，生怕買到礦卡。啥叫礦卡呢？就是24*365小時滿載執行的顯示卡。我個人將網咖淘汰下來的顯示卡也稱之為礦卡。為啥礦卡不能買呢？你想啊，按照正常使用（每天4-5小時）來算，你這張卡的壽命可以達到3-5年甚至更高，礦卡呢，每天執行24小時不間斷，顯示卡累也都累死了。。。。
為啥舉這個例子呢？因為我認為手機也是一樣的，你一直讓手機揹著一大堆的碎片檔案執行，手機肯定累啊，肯定會縮短手機壽命啊！
敲了上面一大堆，我又仔細看了一下題主所問。我發現我跑題了。。。。
上面的不捨得刪，下面接著答。
程式後臺自執行，沒有前臺程式，題主你確定你下載的不是病毒麼？慎重啊！
如果是病毒，你是解除安裝不了的，就像我剛說的，你安裝了之後，他就自動在你手機裡駐紮了。你解除安裝的可能只是這個軟體的“表層”而其真正的本體可能已經進入手機內。要注意你的支付安全了啊題主！
還要提醒題主以及看到本問題的其他人：如果是下載軟體，請透過國內那些知名的應用商店下載，不要下載或安裝來路不明的軟體。以免對您的財產造成損害！