故事開始，傑洛特收到葉奈法的信，和維瑟米爾一起去找她。三人在百果園相遇後，維瑟米爾回了凱爾莫罕，葉奈法帶著傑洛特去見恩希爾。恩希爾告訴傑洛特，希裡回來了，並要求傑洛特找到希裡並帶到他跟前。

　　接著傑洛特跟著希裡的蹤跡，依次去了威倫、諾維格瑞和史凱傑利三個地方。威倫的故事主要圍繞血腥男爵和三個老巫婆展開，劇情中不同的選擇也會影響到結局的走向。

　　而在諾維格瑞則可以見到特莉絲和丹德里恩，最後到了諾維格瑞傑洛特再次見到了葉奈法，同時捲入了一場權利爭鬥當中。

　　傑洛特最終在史凱傑利地區找到了希裡，並把她帶回了凱爾莫罕。眾人開始為狂獵的入侵作準備，根據玩家前期的選擇和任務完成情況，這裡會有不同的人前來幫忙。可惜防禦戰最後以慘敗收尾，希裡目睹了維瑟米爾為保護自己而死，陷入暴走並趕跑了狂獵。

　　進行了簡單的追悼儀式後，傑洛特帶著希裡去復仇，殺三個老巫婆，殺狂獵的大將軍。傑洛特在阿瓦拉克的幫助下，和蓋爾取得聯絡，後者得知艾瑞丁殺害前國王的真相後，決定不再幫助艾瑞丁。蓋爾還告訴傑洛特召喚艾瑞丁的方法，最終失去後援的艾瑞丁敗給了獵魔人傑洛特。

　　但故事還沒結束，短暫的歡樂時光過去，希裡決定犧牲自己去阻止白霜的到來。這時候根據玩家之前的選擇，劇情主線會有三種結局。

　　一是希裡進了塔以後再也沒出來；

　　二是希裡繼承了恩希爾的王位；

　　三是希裡成為了一名狩魔獵人。

　　如果希裡進入塔後沒能出來，那白狼會在殺完逃掉的老巫嫗後被大群食屍鬼包圍棄療。

　　另外，根據傑洛特的感情狀況也會有三個結局：

　　單身；

　　和葉奈法在一起；

　　和特莉絲在一起。

　　玩家可以根據自己的理解，透過各個地方的選擇來打造出屬於自己的結局，這也是巫師3的偉大之處。