實際上，核潛艇是有中繼導航機構的，這些海軍單位一般都搭建在內陸的城市裡，不顯山不露水，默默的為核潛艇進行著導航定位和通訊傳輸任務。

核潛艇雖然行蹤詭秘，又長時間在水下航行，但不代表它們與外界是隔離的，每隔一段時間，潛艇便會從絕對靜默中略微探出頭來，彙報一下自己的存在。

一般在這個時候會有加密訊息透過專用資料鏈短平快的傳送出去，資訊量不大，但足以讓兩端都明白需要幹什麼。就像考場上偷偷傳遞紙條一樣。

潛艇這時不會浮出水面，它會釋放一個小浮標天線上去充當中繼。

這些資訊除了衛星接受外，還有專用的超長波電臺導航。超長波電臺就是上面所說的那些內陸海軍機構。因為超長波電臺比較大，所以潛艇只能收，不能發。超長波電臺的訊號就是個大廣播，潛艇會在指定的時間，按照專用頻道段接收訊息。超長波的好處是全球覆蓋，不受海水影響，能傳遞到200深度。缺點是資訊承載低，一套24字英文字母要打半個小時才能收完。

這時候內陸的中繼站就相當於一個燈塔，除了提供指令，還會故意混淆資訊，讓它人摸不到頭腦。同時幾個中繼站的資訊還能對潛艇位置進行校正，畢竟大黑魚們不可能像其它單位那樣與衛星定位系統長時間連結。

最後，單純的海圖航行也是核潛艇導航的基本功能，這項技術很早就在使用，唯一的難度就在於對海床的預先探測繪圖，以及長時間航行後的偏移修正問題。

美國據說已經在實驗透過飛行器低頻訊號覆蓋為潛艇通訊的功能，目前許多國家也在研究鐳射對潛通訊。

首先是海圖，就是預先測量潛艇可能經過海域的海底的地貌和水文，各國的海洋調查船就是幹這個工作的。然後有慣性導航儀，可以根據海圖來推測潛艇的位置，在潛深較淺的地方還可以藉助衛星進行定位和導航。