清朝的方法非常簡單卻很是毒辣，因為滿清本身就是遊牧民族，他們對於遊牧民族的習性自然是再熟悉不過了，為此他們專門給蒙古人定製了一系列管理方式。最主要的有兩點：隔絕，限制。

首先，清朝嚴格限制蒙古人與漢人之間的往來自由，為此設定了很多關卡，限制蒙古人進入中原的人數與時間；不允許蒙古人學習漢文化，取漢族名字；也不準雙方之間有貿易往來，一旦發現立刻嚴查。

清朝透過各種手段隔絕蒙古族，有兩個目的：其一使其形成一個“自閉”的形式，接觸不到外來的先進技術，這就導致了兩百多年來，在滿清統治下的蒙古族幾乎沒有任何進步。其二是方式蒙古族與漢族聯合，到時候雙方一直抵抗滿清，那就是天大的麻煩了。

而“限制”這一招就更狠了，簡單而言就是瘋狂壓制蒙古族的人口。

滿清專門給蒙古族修建大量喇嘛寺，以宗教的影響力號召蒙古族人出家，並對出家的人給予獎勵。這導致了越來越多的蒙古族人出家當了和尚，無法娶妻生子並且整日吃齋唸佛，荒廢生產，對經濟和人口有很大地衝擊。

除此之外，滿清還強制命令蒙古族的每對夫妻，不能生下兩個以上的孩子，一旦超過兩個，多出的孩子就要被送到喇嘛寺中當和尚。如此一來，在滿清的統治下蒙古族的人口數量逐年遞減，到清朝結束時已經減少了9成（清朝初期蒙古地區人口1000萬左右，在辛亥革命時期只有100萬左右了，減少了900萬人）。