有細菌的，可以到超市去買微波爐專用清洗劑，給微波爐做個徹底的清潔。簡單清潔的方法，就是先放一盆清水，開高火，5分鐘，然後再放有洗潔精的水在微波爐裡面，開高火，5分鐘，然後用幹抹布擦微波爐的內部，然後可以再放清水，再擦拭，把洗潔精都清理乾淨。如爐內有異味，可置一杯水入爐內，加一湯匙檸檬汁或白醋，大火熱2至3分鐘，移去杯子再拭淨，異味便會消除。一定要用溫水多擦幾次微波爐，不要讓清潔劑殘留在爐內，否則以後加熱食物時，殘留的清潔劑會附著在食物上。

由於微波爐是利用食物內的水分子受微波作用震盪產生高溫，以達到加熱食物的目的。所以，它工作時是可以起到殺菌的作用。但，如果微波爐長時間不用，且微波爐內壁有食物噴濺上，則會滋生細菌。