晚清時期是重視海軍的發展而忽視陸軍的改良，所以在甲午戰爭、八國聯軍侵華戰爭中一連吃了敗仗，實際上晚清軍事上最大的敗筆在於陸軍的發展。因而到了清末新政時期，清廷開始重振陸軍，這樣的趨勢一直持續到了北洋政府時期，北洋政府時期政府首先重視的依然是陸軍的發展，所以海軍的發展相對滯後。

北洋政府時期由於忙於內部的混戰，所以北洋政府沒有足夠的財力投入到海軍建設當中去，以1912年和1913年為例，1912年的海軍經費為700萬元，所佔比重不到當年軍費總額的百分之十，1913年和1914年海軍經費依然不足百分之十，而且在1918年以後由於時局動盪、經費緊張，北洋政府甚至已經不再過問海軍經費的事情。海軍發展一度陷入停頓，海軍官兵被欠薪的情況也是時有發生。海軍為了謀得自己的生存，不得不採取與軍閥合作的策略，部分海軍官兵甚至參與了走私販毒以謀求生計。

因為經費緊張加上政府不重視，所以北洋政府時期的海軍裝備更新速度是非常慢的，遠遠比不上同期的日本。如果說晚清時期北洋海軍尚能維持對日本的優勢的話，到了北洋政府時期，海軍已經完全落後於日本。海軍在民國初年的時候曾經有一個十年造艦計劃，當時準備將艦艇在十年內增加到300艘左右，不過一直到北洋政府終結，北洋政府所擁有的所有艦艇都沒有超過50艘，而且多是一些小噸位的。

北洋政府時期的海軍還有一個比較大的特點就是始終處於比較分散的狀態，袁世凱政府時期，北洋海軍基本上隸屬於北京政府，但是在袁世凱死後，北洋海軍就迅速裂變為北京政府所轄海軍，廣東海軍和東北海軍三部分，而且一度東北海軍的發展勢頭是最猛的。

所以北洋政府時期的海軍發展史實際上就是一部衰亡史，儘管很多人倡議振興海軍（包括張謇、康有為、載灃、善耆等人），但是甲午戰爭以後的海軍始終未能振興起來。