因為這兩個人沒有比過，也不是同一個時代的人，所以我從金庸先生的武俠小說角度來分析：

達摩祖師身兼七十二絕技和內功心法集大成之作《易筋經》，內外兼修，可謂是武功的至高境界。少林武功講求內外兼修，相輔相成。

其中七十二項絕技每一項都威力無窮，一招一式都有致命的法門，再配合內功武學的上上乘之作《易筋經》，只要看過金庸小說的人都知道，七十二絕技只要會一兩項絕技的就足可以在武林處於一等一高手行列，更何況達摩祖師身兼72絕技。達摩祖師成為此兩項武功的開山祖師，可以說完勝後面的根源於少林的《九陽神功》。

而武當的開山祖師張三丰本來就出於少林，並對《九陽神功》懷著一種崇敬的心情去膜拜的，自己並不完全掌握九陽神功且不是童子身練此功。

道家武功大家公認的至高武學《太玄經》《九陰真經》《先天功》他一個都不會。其中《太玄經》包羅永珍：內功，外功，心法，輕功無所不有且每一方面的武功都到了登峰造極的境界，說是天下第一神功不為過。

而《九陰真經》和《先天功》也是厲害的一塌糊塗，當年王重陽在半天內就折服《射鵰》中的“五絕”靠的就是這兩項武功。況且這三種武功無論哪一個都可以完勝《九陽神功》。

如果張三丰會這三種武功的其中一種，那和達摩祖師誰勝誰負就不好說了。可惜的是張三丰只會自創的《太極拳》《太極劍》。所以我認為達摩祖師完勝張三丰。