克隆人和被克隆者是兩個獨立的個體，擁有不同的意識，類似於同卵雙胞胎，雖然遺傳物質一樣，但造就的是不同性格的兩個個體。

克隆技術是用體細胞、卵細胞克隆出一個完整的個體。首先對體細胞進行處理，體細胞使高度分化的細胞，執行特定的功能，一般情況下不具有分化為其他組織細胞的能力。克隆時要先提取出完整的46跳染色體，然後匯入到卵細胞中，由卵細胞為其提供最初發育所需要的物質。在外部以人工方式誘導細胞的全能性，使體細胞全能性重新被啟用，可以分裂、分化為不同的組織形成早期胚胎，進而發育為完整個體。

意識的形成具體過程目前人類並不清楚，它使人具有很強的自主能動性，並已經確定的是它和大腦的物質有關，一些關鍵物質已經比發現，比如多巴胺等，會影響人的情緒，當人死亡以後，大腦就再也不能自由支配身體活動。然而細胞的細微結構是很複雜的，意識產生過程中，大腦的電生化訊號是怎樣改變的，細胞表面哪些結構參與，仍是未解決的問題。

克隆人雖然和被克隆人基因一樣，但指紋、掌紋、視網膜紋路都不一樣，如果不告訴克隆人，他一輩子也認識不到，和正常人一樣，吃喝拉撒工作生活玩樂。

按唯物論，兩者大腦結構是一樣的，意識應該是一樣的；按唯心論，意識不取決於物質，所以即使腦結構一樣，意識還是不一樣的。