果樹原有優良種性的減弱現象。退化的表現有：同品種單株間產量發生變異，品質好壞不一，形態特徵出現畸變，成熟期不同，或對不良條件的抵抗力減弱等。如溫州蜜柑中常出現低產，晚結果以及小葉、劣變型別；蕉柑的粗皮、小果劣變；金冠蘋果果鏽的劣變型別；梨和葡萄的低產和劣質的變異型別等。退化的原因是①基因劣質微突變的積累。芽變頻率依樹種、品種、樹齡而異，但在多數情況下劣變多於優變。果樹大部分以微突變的形式出現，其形態表現不易區分，繁育時易將劣變材料混在一起，引起種性退化。②異質性枝條繁殖的結果。例如繁殖柑橘時用徒長枝，後代結果遲，產量低。因此必須選擇優良的結果母枝作接穗。衰老的芽條在生理上趨於衰退，細胞的生理活性降低，更新能力減弱，其後代也會引起退化。③病毒的侵染。受病毒或類菌質體侵染後的組織和細胞，破壞了生理協調性，影響產量與質量以及引起細胞內某些遺傳物質的變異。此外有性繁殖的果樹品種的退化更為明顯。例如板栗的果實變小，核桃內褶壁加厚不易剝離等。退化的原因多系天然雜交引起的生物學混雜，基因間發生分離和重組，影響品種的典型性，而使品種退化。防止退化的措施，主要是透過對繁殖材料選優去劣和加強對果樹的培育管理和對種苗的鑑定與檢疫。某些有性繁殖品種，如番木瓜為了保持品種純度，必須進行品種內授粉。品種資源圃見種質庫。