EM菌是噬糖的，也就是說它們需要糖分。細菌含量高意味著培養基的營養豐富，能夠繁殖出更多的細菌出來。看來要想讓有益菌大量繁殖，糖分是關鍵。紅糖和白糖都是由甘蔗或甜菜提取出來的，紅糖的製作工藝較白糖稍微簡單一些，其中所含的葡萄糖和纖維素也較多，而且釋放能量較快，吸收利用率也更高。

EM菌是有效微生物群的英文縮寫，它能使光和菌、乳酸菌、酵母菌、芽孢桿菌、醋酸菌、雙歧桿菌、放線菌等有益菌共同生存。它是由日本的生物學家發明的，目前是世界上應用較為廣泛的生物技術。可使農作物穩產高產、有效防止病蟲害，適用於水稻、小麥、大豆、紅薯、玉米、棉花、菸草、蔬菜、花卉、茶葉、果樹、藥材、食用菌等。

培養EM需要準備以下物品：能夠密封的塑膠桶（容量50公斤），紅糖5斤，菌種5瓶，無菌乾淨的水，比如：深井水，涼開水，或者放置２天的自來水。

先把塑膠桶裝入40公斤無菌乾淨的水。取10公斤水加熱融化5斤紅糖，溶化後倒進步驟1中的塑膠桶內。EM菌種加入塑膠桶的紅糖水中，攪拌菌液，密封起來。溫度控制在30-40攝氏度之間發酵7天左右；如果溫度在20-30攝氏度之間，發酵時間則為12天。

購買PH試紙，5天后開桶測試PH值，PH值在3.5-6範圍內，即發酵成功，如果沒有PH試紙，可以倒些發酵原液口嘗，酸香後即發酵成功。一般發酵7天后使用效果更好。

使用EM菌製作堆肥可以就地取原料，如穀糠、雜草、人畜糞便、碎秸杆、莖葉、鋸木屑均可，最好加些酒槽渣、食用菌基質殘渣和餅粕等混合攪拌，按原料總量500-1000：EM菌液1：紅糖1：清水30-35％（視材料乾溼增減水量）的比例，先溶化紅糖，倒入水中，再加入EM菌液，然後與原料混合拌勻，堆垛壓實，用塑膠薄膜或帆布密封，厭氧發酵，經夏10天，冬15天發出酒麴香味或出現白色、紅色菌絲，表明發酵成功。也可以在地上挖一大坑，用500-1000倍EM菌液稀釋液先噴溼坑底及四壁，然後每放一層料（20公分厚）噴一次500倍EM菌液的稀釋液，直到填滿大坑，再蓋上泥土踩實，發酵兩週後，有酒麴香味或出現白色、紅色菌絲即可使用，發酵中如溫度達50攝氏度以上，應翻動，降溫後再密封發酵，以免破壞有效物質。密閉的發酵堆肥可儲存3個月。

使用EM菌液發酵糞水作追肥可以按照EM菌液1：紅糖1：糞水200的比例混合攪拌，蓋上薄膜，每1-2天攪動一次，5-7天即成，用時加水200-500倍稀釋使用。

EM菌液是生物製劑，抑制有害微生物的生存與繁殖，減輕並逐步消除土傳病蟲害和連作障礙，起到預防有害病蟲的左右，但是並不能保證沒有頑固性病蟲，如果有害蟲的話，還要正常打防蟲液，正常噴施農藥。

發酵EM菌的目的，是增加原液中的益生菌群體數量。益生菌的繁殖也是需要吸收營養的，EM原液中加入紅糖，是給EM原液中的益生菌提供能量動力，益生菌吸收了紅糖中的養分，能加速繁殖。

EM菌種，紅糖和生水的比例是：

EM菌種：紅糖：生水（切忌不能用自來水）=1：2：45

溫度低於15度，需要17-19天，完成發酵，溫度在15-25度，需要15天完成全部發酵過程，溫度在25-35度，需要13天完成整個發酵過程。

發酵完成後，需要測試 PH值，PH值要保持在3.5以下。發酵好的EM菌，拿少量儲藏做為種菌，可以反覆發酵。