在與好友組成忍者小隊後，全天副本活動玩法——秘境探險也隨之開啟。這是忍者小隊中特有的2人組隊副本玩法，以挑戰神秘BOSS為主，但秘境難度較大，需要忍者學員相互協作才能順利通關。秘境副本分為烈炎秘境和毒風秘境2種，戰場內除了有神秘BOSS外，還會有各種機關，副本考驗玩家對於忍者的技能瞭解程度和操作能力，更考驗忍者在特殊場景中的走位和躲避技能技巧，後續還有更多副本陸續更新，大家敬請期待。

（火影忍者手遊秘境探險2人組隊參與副本）

影級實力挑戰修羅副本 秘境強者越戰越勇

每個秘境都充滿了抗魔壓制，如果抗魔值不足，則副本內的敵人就會異常強大。在烈炎秘境和毒風秘境中，每個秘境還包含了3個難度，從普通、困難到修羅。每一個難度的副本，除了需要忍者學員們有足夠的實力，更需要忍者學員有較高的抗魔值。在副本內BOSS血量掉落到某一個程度，會觸發地上機關，同時忍者學員也可拾取秘卷技能。秘境探險內6個副本難度依次增加，要想挑戰終極毒風秘境的修羅，需要忍者學員擁有足夠強大的實力才能通關。

（火影忍者手遊秘境探險不同難度的副本）

（火影忍者手遊秘境探險副本戰鬥）

組隊副本獎勵豐厚 傳說飾品增加戰鬥實力

通關秘境可以獲得秘境獎勵，不同難度的秘境會掉落不同的飾品，每天忍者學員可挑戰3次秘境探險，同時花費50金幣可獲得獎勵翻倍。此外，副本難度越大，掉落的飾品品質也會更高，通關烈炎秘境困難、修羅將有機率獲得傳說守護飾品，通關毒風秘境困難、修羅將有機率獲得傳說自由飾品，此外通關還可以獲得銅幣和聲望等豐厚獎勵。

同時秘境探險玩法上線之際，遊戲也全新推出飾品系統，飾品系統將會增加忍者學員的抗魔值。而秘境探險是目前唯一可以獲取飾品的途徑。