魚缸上濾是過濾器安放在魚缸的上部，過濾材料體積大、過濾層多，效果比較好。越大佔的面積就越大。

下濾是過濾器安放在魚缸的水的下部，過濾材料體積小、過濾層少，效果沒有上過濾器好。但佔的面積小。

魚缸底濾的工作原理：

底部過濾是放在水族箱底部，它由許多的網板組合而成，在網板上可以連線水泵的進水管，當水泵工作時，水流透過網板的底部的導流槽進入到過濾槽內，過濾後的水再回到水族箱內，進行一個良好的水迴圈 ，是培養硝化細菌最好的過濾，也是處理能力最強的過濾，但是他也有缺點。

優點：

過濾面積大，當水泵工作時，底部過濾網與水族箱的底部的空隙中，會產生虹吸作用，形成一股強有力的水流，將網板上的髒物吸到過濾槽內。底部過濾器還可以根據飼養魚的大小、水族箱尺寸的大小增加水泵的數量，以增加水的過濾量。

缺點：

體積巨大一般得佔用魚缸底櫃空間，並且對水泵要求比較高，功耗比較大，水泵必須和溢流配合妥當，否則又水滿金山或水泵乾燒！所以，對技術水平要求略高。底部過濾的使用，抽水泵的功率不能太小，功率太小，底部的水流速太慢，容易滋生藻類，藻類在慢水流中，會大量繁殖。因此，使用底部過濾器時，所使用的過濾器的功率一定要大，這樣可以提高底部水的流速，使藻類不能在底部生存。底部過濾器最大的缺點是清洗比較困難！一旦需要清洗過濾器或水族箱，就要將底沙全部取出。

底濾濾材擺放順序：

第一格，白棉、藤棉，第二格；細菌屋、陶瓷環、玻璃環、濾球等（可以選一種，也可以搭配使用）；第三格，如果是最後一格，則可以放泵和加熱棒，如果不是，也可以放細菌屋等或是麥飯石；但是最後需要留一格放泵和加熱棒。