145話（新的黑暗的鼓動）~184話（踏上光明之路）
劇情簡介：一萬年前，亞特蘭蒂斯得到了名為“山銅”（奧利哈剛）的物質，創造了偉大的文明。但“山銅”的力量卻讓人們慢慢變得腐朽，最後成為怪物，國王達姿在親手斬殺變成怪物的王后之後，自己也成為了“山銅”的代理人，將亞特蘭蒂斯毀滅。
在“決鬥都市”大賽獲勝的暗遊戲帶著3張神之卡在記憶石板前準備進行儀式，但石板卻被黑暗力量冰封，其後神秘組織“多瑪”的“三劍客”突然出現並搶去了神之卡。 遊戲等人面對除無名之龍外無法破壞的“山銅結界（奧利哈剛的結界）”處境非常艱難。
“多瑪”組織的目的是利用一萬年前出現的“山銅”的力量，使用“山銅結界”奪取決鬥敗者的人的靈魂為祭品，從而使潛藏於地球深處的黑暗之神甦醒，實現最終目的——清洗整個腐朽的世界。世界發生了異象，遊戲也遭受到襲擊。遊戲在夢中受到決鬥怪獸精靈“黑魔術少女”的引領，獲得了“傳說之龍 蒂邁歐”的力量。
得到了帕加索斯邀請，遊戲與夥伴踏上了美國的土地。在此期間城之內和海馬相繼獲得了“傳說之龍”的力量。帕加索斯將1張“無名之卡”叫給了遊戲，提示會解開“傳說之龍”真正面目。暗遊戲在與“多瑪三劍客”之一的拉菲魯的決鬥中因急於求勝迷失了自我，被拉菲魯設局發動“山銅結界”消滅“蒂邁歐”， 逐漸暴露怕輸心理的他最終被拉菲魯打敗，
在靈魂即將被封印之際，表遊戲用“千年積木”打破結界，代替了暗遊戲接受封印。悲憤不平的暗遊戲踏上尋找夥伴的旅程。最終得到了達姿的父親鐵心和女兒克里斯的幫助，重新復活了“傳說之龍 蒂邁歐”。 在“多瑪”分部帕拉蒂斯公司的樓頂中，暗遊戲再次和拉菲魯決鬥，擊敗守護者·戴思塞斯後，拉菲魯心中的黑暗消失，自己故意敗北結束決鬥。
遊戲與海馬趕赴最後決戰之地，面對使用三重“山銅結界”的達姿，海馬也倒下了。但遊戲並沒有放棄，最後在羈絆的力量下喚醒了3條“傳說之龍”的真面目“傳說之騎士”，擊敗了達姿並且奪回了遊戲、海馬、城之內的靈魂。達姿以自己的靈魂代替三人的靈魂讓奧利哈剛之神復活，暗遊戲以三幻神擊敗奧利哈剛之神。
最終暗遊戲心中的記憶容器將達姿的黑暗完全吞噬，達姿與父王和女兒重歸亞特蘭蒂斯，“傳說之騎士”則完成任務回到決鬥怪獸世界。
145話（新的黑暗的鼓動）~184話（踏上光明之路）
劇情簡介：一萬年前，亞特蘭蒂斯得到了名為“山銅”（奧利哈剛）的物質，創造了偉大的文明。但“山銅”的力量卻讓人們慢慢變得腐朽，最後成為怪物，國王達姿在親手斬殺變成怪物的王后之後，自己也成為了“山銅”的代理人，將亞特蘭蒂斯毀滅。
在“決鬥都市”大賽獲勝的暗遊戲帶著3張神之卡在記憶石板前準備進行儀式，但石板卻被黑暗力量冰封，其後神秘組織“多瑪”的“三劍客”突然出現並搶去了神之卡。 遊戲等人面對除無名之龍外無法破壞的“山銅結界（奧利哈剛的結界）”處境非常艱難。
“多瑪”組織的目的是利用一萬年前出現的“山銅”的力量，使用“山銅結界”奪取決鬥敗者的人的靈魂為祭品，從而使潛藏於地球深處的黑暗之神甦醒，實現最終目的——清洗整個腐朽的世界。世界發生了異象，遊戲也遭受到襲擊。遊戲在夢中受到決鬥怪獸精靈“黑魔術少女”的引領，獲得了“傳說之龍 蒂邁歐”的力量。
得到了帕加索斯邀請，遊戲與夥伴踏上了美國的土地。在此期間城之內和海馬相繼獲得了“傳說之龍”的力量。帕加索斯將1張“無名之卡”叫給了遊戲，提示會解開“傳說之龍”真正面目。暗遊戲在與“多瑪三劍客”之一的拉菲魯的決鬥中因急於求勝迷失了自我，被拉菲魯設局發動“山銅結界”消滅“蒂邁歐”， 逐漸暴露怕輸心理的他最終被拉菲魯打敗，
在靈魂即將被封印之際，表遊戲用“千年積木”打破結界，代替了暗遊戲接受封印。悲憤不平的暗遊戲踏上尋找夥伴的旅程。最終得到了達姿的父親鐵心和女兒克里斯的幫助，重新復活了“傳說之龍 蒂邁歐”。 在“多瑪”分部帕拉蒂斯公司的樓頂中，暗遊戲再次和拉菲魯決鬥，擊敗守護者·戴思塞斯後，拉菲魯心中的黑暗消失，自己故意敗北結束決鬥。
遊戲與海馬趕赴最後決戰之地，面對使用三重“山銅結界”的達姿，海馬也倒下了。但遊戲並沒有放棄，最後在羈絆的力量下喚醒了3條“傳說之龍”的真面目“傳說之騎士”，擊敗了達姿並且奪回了遊戲、海馬、城之內的靈魂。達姿以自己的靈魂代替三人的靈魂讓奧利哈剛之神復活，暗遊戲以三幻神擊敗奧利哈剛之神。
最終暗遊戲心中的記憶容器將達姿的黑暗完全吞噬，達姿與父王和女兒重歸亞特蘭蒂斯，“傳說之騎士”則完成任務回到決鬥怪獸世界。