透過各種化驗分析的方法，判斷菌株可能具有某種或某些優良性狀。這種方法目前只限用於新菌株選育時作為參照依據，其規律性有的食用菌較明顯，有的還不明顯。可供參考的生化指標主要有：
（1）呼吸強度 採用華勃氏呼吸儀，以單位重量成活菌絲在單位時間內呼吸強度，即透過測定其氧氣消耗量和二氧化碳增長量，判斷菌株呼吸強度與產量的關係。
（2）多酚氧化酶 多酚氧化酶是參與分解木質素的酶種之一，其含量高、活性強的菌株，一般是高產菌株，起碼對香菇菌株來說是如此。含多酚氧化酶多的菌株子實體色澤好。
（3）蟲漆酶 蟲漆酶是參與分解木質素的酶種之一。相同條件下培養的同量菌絲含蟲漆酶量高的菌株是好菌株，其同化培養基能力強，培養基殘留物少。
（4）纖維素酶和半纖維素酶 香菇菌絲在相同條件下培養，菌齡相同的菌株這兩種酶活性較高的產量較高。
（5）酯質同工酶 該酶譜測定是菌株優良性狀檢測指標之一，也是同一種類食用菌的不同菌株的鑑別方法之一。透過同工酶譜帶的多少、寬窄、強弱，可以判斷菌株之間遺傳性狀的相似程度和差異程度；同工酶譜與培養基成分、培養溫度、pH、環境條件有關係，可以作為一種綜合性狀的檢測指標。
（6）菌種分子標誌檢測 以香菇菌種細胞中染色體遺傳表達結構中大分子或分子基因為標誌，檢測不同菌株的特殊標誌，常用的有電泳染色體組型脫氧核糖核酸（DNA）鑑定分析、限制性片斷長度多型性（RAPD，RFCP）分析等方法。此法必須同時引入許多引物（數百上千個），工作量較大，只是檢測菌株間的遺傳差異，不能檢測菌株的優良程度。
透過各種化驗分析的方法，判斷菌株可能具有某種或某些優良性狀。這種方法目前只限用於新菌株選育時作為參照依據，其規律性有的食用菌較明顯，有的還不明顯。可供參考的生化指標主要有：
（1）呼吸強度 採用華勃氏呼吸儀，以單位重量成活菌絲在單位時間內呼吸強度，即透過測定其氧氣消耗量和二氧化碳增長量，判斷菌株呼吸強度與產量的關係。
（2）多酚氧化酶 多酚氧化酶是參與分解木質素的酶種之一，其含量高、活性強的菌株，一般是高產菌株，起碼對香菇菌株來說是如此。含多酚氧化酶多的菌株子實體色澤好。
（3）蟲漆酶 蟲漆酶是參與分解木質素的酶種之一。相同條件下培養的同量菌絲含蟲漆酶量高的菌株是好菌株，其同化培養基能力強，培養基殘留物少。
（4）纖維素酶和半纖維素酶 香菇菌絲在相同條件下培養，菌齡相同的菌株這兩種酶活性較高的產量較高。
（5）酯質同工酶 該酶譜測定是菌株優良性狀檢測指標之一，也是同一種類食用菌的不同菌株的鑑別方法之一。透過同工酶譜帶的多少、寬窄、強弱，可以判斷菌株之間遺傳性狀的相似程度和差異程度；同工酶譜與培養基成分、培養溫度、pH、環境條件有關係，可以作為一種綜合性狀的檢測指標。
（6）菌種分子標誌檢測 以香菇菌種細胞中染色體遺傳表達結構中大分子或分子基因為標誌，檢測不同菌株的特殊標誌，常用的有電泳染色體組型脫氧核糖核酸（DNA）鑑定分析、限制性片斷長度多型性（RAPD，RFCP）分析等方法。此法必須同時引入許多引物（數百上千個），工作量較大，只是檢測菌株間的遺傳差異，不能檢測菌株的優良程度。