上部迴圈過濾（上濾）
這是最常見的過濾方式，大多數成品缸配套的是這種過濾方式。在魚缸頂部靠近燈管位置有一過濾槽，在過濾槽內可以放置過濾棉、活性炭、玻璃環等，潛水泵將水抽入過濾槽，再由過濾槽底部的出水口流回到水族箱內。上部過濾器的最大優點是清洗方便，當過濾材料很髒時，可以很方便地取出進行清洗。最大的缺點是因空間所限，過濾槽的容積小，放的濾材較少，因而過濾功能較弱。上部過濾系統不適用於種植水草，水流會減少水族箱中二氧化碳的滯留時間，同時過濾器的水流還會將空氣中的氧氣大量帶入水中，水中容氧量增加，會使喜好氧氣的藻類大量生長，影響水族箱的觀賞效果。
內建式過濾(沉水式過濾器)
內建式過濾由潛水泵與過濾槽直接連線在一起，沉在水中，在過濾槽內有一塊捲筒狀的過濾棉纏繞在一個漏網的圓柱上，在圓柱的內部有許多生物球，便於硝化菌的附著。內建式過濾器的最大優點是聲音輕，水流方向可以根據需要進行調節，適應以水草為主的水族箱用。內建式過濾器的出水口有下個連線二氧化碳的入氣口，二氧化碳可以經過此口進入水中，二氧化碳經過水流的衝擊，可以很均勻地分散到水族箱的每個角落，被水草吸收。但是，機械過濾雜質的效果不如上部過濾器，因為，過濾後的汙物，附著在過濾棉上浸在水中，容易造成二次汙染。內建式過濾器清洗也很方便，只要將內部的過濾棉取出清洗即可，由於內建式過濾器的表面與水的接觸面比較大，它的單位面積的吸水功率小，最適宜小型魚缸、飼養小型魚類和魚類繁殖期間使用，或作為魚缸的輔助泵造流使用。
底沙過濾：
用一層較厚的細沙將相連通的、管身鋸有細小裂紋的水管埋在缸底，
水流在水泵的吸力下經過細沙過濾進入沙底的水管，再被抽至水族箱的上層水面，這種過濾方式常被用在草缸中。 其優點是初期比較美觀，但因魚餌、魚便積壓在沙中無法及時清除，時間長了沙易變黑，積壓的有機質、氨氮等超過了硝化系統的處理能力，造成魚缸水質日益惡化而魚病不斷，整缸清潔時也很麻煩。
底缸過濾
在放置魚缸的桌下有一盛放濾材的小缸， 小缸被分成幾格以放置不同濾材，水從缸頂溢下，經過濾材後再被抽回缸內。因盛放濾材的空間大，所以硝化過濾功能強，比較適合飼養中、大型魚，且清潔、更換濾材便利。但對水泵的功率要求較高，功耗大且噪音較大。
背濾/側濾
在魚缸的背部或側部用玻璃隔出一部分做過濾，其內部分成幾小格用於放置濾材（或過濾裝置）和迴圈泵，一邊設有溢流口，當水泵把水從過濾部分抽向魚缸時，魚缸溢位的水透過溢流口流入過濾部分的第一格，在隔板的引導下“從上到下”或“從下到上”流經各種濾材，水從最後一格透過水泵再次送入魚缸，如此迴圈。其缺點是擠佔了魚缸空間，影響視覺效果，清潔、更換濾材比較麻煩。
滴流式過濾
滴流式過濾是個整合的過濾器，它將物理過濾與生物過濾合在一個過濾槽中，在此過濾槽中分成幾個室，過濾槽的上層為物理過濾室，放置有生化棉、生化石和生化磁環，作用是減低水的流速，增加水與空氣的接觸面，使水能含有最大的容氧量，為好氧性細菌提供最理想的生存環境。這個過濾室主要完成初始的雜質過濾。第二個過濾室為生化過濾室，在其中有許多塑膠製成的生物過濾球，供硝化細菌附著繁殖用。第三個過濾室為活性炭，去除水中的臭味和黃色物質。這種過濾方式能最大限度地將水中的雜質過濾乾淨。但魚缸需承受一定重量，所以做多層上濾時一定要考慮魚缸的承受能力。
外接過濾桶
所有的濾材、水泵都藏在一個過濾桶內，在過濾桶內有4～5個過濾盒，每個過濾盒內都有不同的過濾材料，一般首層放置過濾棉，對水質進行初級過濾，將水中的雜質過濾乾淨，另外幾層可以放置瓷環、活性碳等，透過盒內大量的硝化細菌對水中的氨氮、亞硝酸鹽進行生化過濾，形成一個物理與生化組合的完整過濾系統。常用來補強成品缸的硝化過濾系統，尤其是較高密度養魚或魚對水質的要求高時。
生化棉過濾/氣舉動式生化過濾器
生化棉過濾/氣舉動式生化過濾器是過濾器中最簡單的過濾器，它是透過增氧泵吹氣到生化棉以造成水流由生化棉的外部向生化棉的內部流動，同時透過氣泵的不斷吹氣，為硝化細菌提供大量的氧分，在流動中將髒物留在生化棉上，再由水中或生化棉上的硝化菌來分解，形成一個生物過濾的環境。生化棉主要用於飼養超小型的魚類，如紅綠燈、金絲等，因為，超小型魚類的體型一般較輕，容易被過濾器吸入過濾槽內，生化棉過濾器可以避免這個問題，但是，生化棉過濾器不適應在水。
上部迴圈過濾（上濾）
這是最常見的過濾方式，大多數成品缸配套的是這種過濾方式。在魚缸頂部靠近燈管位置有一過濾槽，在過濾槽內可以放置過濾棉、活性炭、玻璃環等，潛水泵將水抽入過濾槽，再由過濾槽底部的出水口流回到水族箱內。上部過濾器的最大優點是清洗方便，當過濾材料很髒時，可以很方便地取出進行清洗。最大的缺點是因空間所限，過濾槽的容積小，放的濾材較少，因而過濾功能較弱。上部過濾系統不適用於種植水草，水流會減少水族箱中二氧化碳的滯留時間，同時過濾器的水流還會將空氣中的氧氣大量帶入水中，水中容氧量增加，會使喜好氧氣的藻類大量生長，影響水族箱的觀賞效果。
內建式過濾(沉水式過濾器)
內建式過濾由潛水泵與過濾槽直接連線在一起，沉在水中，在過濾槽內有一塊捲筒狀的過濾棉纏繞在一個漏網的圓柱上，在圓柱的內部有許多生物球，便於硝化菌的附著。內建式過濾器的最大優點是聲音輕，水流方向可以根據需要進行調節，適應以水草為主的水族箱用。內建式過濾器的出水口有下個連線二氧化碳的入氣口，二氧化碳可以經過此口進入水中，二氧化碳經過水流的衝擊，可以很均勻地分散到水族箱的每個角落，被水草吸收。但是，機械過濾雜質的效果不如上部過濾器，因為，過濾後的汙物，附著在過濾棉上浸在水中，容易造成二次汙染。內建式過濾器清洗也很方便，只要將內部的過濾棉取出清洗即可，由於內建式過濾器的表面與水的接觸面比較大，它的單位面積的吸水功率小，最適宜小型魚缸、飼養小型魚類和魚類繁殖期間使用，或作為魚缸的輔助泵造流使用。
底沙過濾：
用一層較厚的細沙將相連通的、管身鋸有細小裂紋的水管埋在缸底，
水流在水泵的吸力下經過細沙過濾進入沙底的水管，再被抽至水族箱的上層水面，這種過濾方式常被用在草缸中。 其優點是初期比較美觀，但因魚餌、魚便積壓在沙中無法及時清除，時間長了沙易變黑，積壓的有機質、氨氮等超過了硝化系統的處理能力，造成魚缸水質日益惡化而魚病不斷，整缸清潔時也很麻煩。
底缸過濾
在放置魚缸的桌下有一盛放濾材的小缸， 小缸被分成幾格以放置不同濾材，水從缸頂溢下，經過濾材後再被抽回缸內。因盛放濾材的空間大，所以硝化過濾功能強，比較適合飼養中、大型魚，且清潔、更換濾材便利。但對水泵的功率要求較高，功耗大且噪音較大。
背濾/側濾
在魚缸的背部或側部用玻璃隔出一部分做過濾，其內部分成幾小格用於放置濾材（或過濾裝置）和迴圈泵，一邊設有溢流口，當水泵把水從過濾部分抽向魚缸時，魚缸溢位的水透過溢流口流入過濾部分的第一格，在隔板的引導下“從上到下”或“從下到上”流經各種濾材，水從最後一格透過水泵再次送入魚缸，如此迴圈。其缺點是擠佔了魚缸空間，影響視覺效果，清潔、更換濾材比較麻煩。
滴流式過濾
滴流式過濾是個整合的過濾器，它將物理過濾與生物過濾合在一個過濾槽中，在此過濾槽中分成幾個室，過濾槽的上層為物理過濾室，放置有生化棉、生化石和生化磁環，作用是減低水的流速，增加水與空氣的接觸面，使水能含有最大的容氧量，為好氧性細菌提供最理想的生存環境。這個過濾室主要完成初始的雜質過濾。第二個過濾室為生化過濾室，在其中有許多塑膠製成的生物過濾球，供硝化細菌附著繁殖用。第三個過濾室為活性炭，去除水中的臭味和黃色物質。這種過濾方式能最大限度地將水中的雜質過濾乾淨。但魚缸需承受一定重量，所以做多層上濾時一定要考慮魚缸的承受能力。
外接過濾桶
所有的濾材、水泵都藏在一個過濾桶內，在過濾桶內有4～5個過濾盒，每個過濾盒內都有不同的過濾材料，一般首層放置過濾棉，對水質進行初級過濾，將水中的雜質過濾乾淨，另外幾層可以放置瓷環、活性碳等，透過盒內大量的硝化細菌對水中的氨氮、亞硝酸鹽進行生化過濾，形成一個物理與生化組合的完整過濾系統。常用來補強成品缸的硝化過濾系統，尤其是較高密度養魚或魚對水質的要求高時。
生化棉過濾/氣舉動式生化過濾器
生化棉過濾/氣舉動式生化過濾器是過濾器中最簡單的過濾器，它是透過增氧泵吹氣到生化棉以造成水流由生化棉的外部向生化棉的內部流動，同時透過氣泵的不斷吹氣，為硝化細菌提供大量的氧分，在流動中將髒物留在生化棉上，再由水中或生化棉上的硝化菌來分解，形成一個生物過濾的環境。生化棉主要用於飼養超小型的魚類，如紅綠燈、金絲等，因為，超小型魚類的體型一般較輕，容易被過濾器吸入過濾槽內，生化棉過濾器可以避免這個問題，但是，生化棉過濾器不適應在水。