杜伏威之所以被殺，主要原因他不是李唐王朝隊伍的人，而且他還保留了自己的隊伍，自己的隊伍還造反了。

隋朝末年，杜伏威一直在江淮流域戰鬥，他的人馬都屬於他自己，跟李唐王朝完全不搭界。他一開始投降，那不過是名義上的，當時各地起義軍風起雲湧，李淵和他的兒子們忙得焦頭爛額，根本顧不上管理杜伏威。等到後來杜伏威來到長安住下來，但是他的隊伍，他的戰友都還在江淮流域。

李唐王朝對於這樣的人就一直很不放心，因為之前已經發生或李密投降後又造反，李子通投降後試圖逃跑造反，即便竇建德這樣的人都被殺了，他的部下還能借屍還魂，一度造反（劉黑闥）

李唐王朝這個時候保留杜伏威的目的就是想用他暫時牽制他的軍隊，不要讓他們造反。

但是很不幸，他的戰友輔公祏拉桿子造反了，李唐組織李孝恭等人成功平定了。他的人馬被打沒了。這個時候杜伏威的利用價值也就沒了。

有了這個基礎，就缺少一個機會。

機會是人創造出來的。

平叛的領導李孝恭看上了輔公祏的家財，還看上闞陵的家產。

闞陵不是造反的人，他是杜伏威的義子，他這次奉杜伏威之命前來平叛，也是有功勞的人，你怎麼能搶一個有功勞的人家產。

但是李孝恭作為李淵的侄子，他看上就要拿。

你不是沒有造反嗎？

我讓你造反。

於是李孝恭誣告闞陵造反，竟然還被認可了，審理之下，將杜伏威給牽扯出來了。

這應該也是李淵看到的結果，將杜伏威給殺了。

李孝恭後來凌煙閣二十四功臣。

杜伏威曾經叱吒風雲的將領落了個造反處死的罪名。

後來李世民為他進行了平反。

可是誰還在乎呢？

杜伏威做為隋末唐初的一個割據首領，其實並沒有什麼大志，也就是說他並沒有想著統一天下，他想要的不過是自保而已。所以他很快就投了唐，但是這樣的杜伏威卻並沒有好的結局。題主說杜伏威被毒殺，不過是一種猜測，實際上這隻能算是一個謎案，暴卒確實有的，只是暴卒的原因眾說紛紜。

和當時的很多起義軍小領袖一樣，杜伏威少年時期也是一個窮孩子，然後走上了偷盜之路，杜伏威和輔公祏是自小的朋友，兩人常在一起混，輔公祏經常偷自己姑姑家的羊送給杜伏威。後來輔公祏的姑姑就把兩個人告到了官府，兩人就開始了亡命天涯，然後聚眾為盜，那一年，杜伏威只有16歲，再然後就是組織起義。

613年，杜伏威和輔公祏到了長白山一帶，依附於左君行瞞不過很快兩人就離開了，然後輾轉到了淮南地區，杜伏威英勇善戰，很快脫穎而出，做了首領，自稱將軍，並開始擴大地盤和兵力。先後吞併了苗海潮和趙破陣部，實力大增，至眾數萬。

杜伏威數次和隋軍作戰，有勝有敗，當時江都留守派校尉宋顥率兵攻打杜伏威。杜伏威佯敗而走，將宋顥引到蘆葦叢中而放火燒死，隋軍幾乎全部燒死，後來杜伏威又屠了安宜城。隋虎牙郎將來整來討伐杜伏威，雙方在黃花輪決戰，杜伏威大敗，僅僅和輔公祏帶著幾百人逃跑掉，後來收拾殘部只得到八千人。

後來隋虎牙郎將公孫上哲討伐杜伏威，雙方在鹽城開戰，這一次，隋軍幾乎全軍覆沒。再之後就是隋煬帝楊廣讓右御衛將軍陳稜帶精兵討伐杜伏威，陳稜懼怕杜伏威不敢出戰，結果杜伏威就派人給陳稜送去女人的衣服，並送陳稜一個“陳姥”的綽號，意思是陳稜就是個膽小的婦人。陳稜被激將出戰，並且隋軍中有人還射中了杜伏威的額頭，杜伏威瞬間就怒了，然後暴走到敵方陣營中，逮誰殺誰，這一戰，隋軍又是幾乎全軍覆沒，陳稜自己逃回到了江都。

所以說杜伏威的實力還是很強悍的，數次與隋軍作戰，贏的比輸的次數多很多。

後來，杜伏威、李子通和沈法興在江淮地區爭奪地盤，鬥得不亦樂乎。619年，李淵遣使招降杜伏威，杜伏威不知道出於怎樣的考慮就歸降了大唐，李淵給杜伏威封了一系列的官職，第二年，杜伏威總管江淮以南諸軍事，獲封吳王，並被賜姓李。但是杜伏威依舊在活動在江淮地區，只是會響應大唐的軍事活動，比如征討王世充。

622年，杜伏威已經成為江淮地區的老大，而李世民也已經平定了劉黑闥徐圓朗的叛亂，隱隱有向杜伏威下手的意思，杜伏威見情勢不妙，遂主動請求入朝為官，李淵自然求之不得。李淵加封杜伏威為太子太保兼行臺尚書令，是大唐第四號人物，僅在李淵、李建成和李世民三人之下，尚在李元吉之上。當然這其中並不是說李淵真的重用杜伏威，而是一種拉攏之意，畢竟江淮地區可不是小範圍。

杜伏威當初進京的時候只帶了部分心腹，包括養子闞稜，而將江淮地區的軍權交給了另一個養子王雄誕。那時候的杜伏威和輔公祏已經越走越遠，杜伏威忌憚輔公祏而只讓他做了沒什麼實權的僕射。杜伏威一走，輔公祏就開始謀劃篡權，並且開始造反，他告訴部下是杜伏威因為被軟禁在京城而讓他們造反，於是江淮軍就這麼反了。

輔公祏自立為帝。遠在京城的杜伏威如坐針氈，他的處境極其尷尬，不能離開京城又沒法證明自己的清白，畢竟造反的正是自己的部下。

在這種情況下，624年，杜伏威在長安暴卒。《新唐書》記載杜伏威喜好長生不老之術，誤食了雲母而被毒死，但是也有很多人懷疑是李淵下令將杜伏威毒殺的，究竟如何已經不得而知。

輔公祏造反後，李淵派李孝恭去平叛的，同去的還有闞稜，闞稜為平叛立下大功。可惜在輔公祏戰敗之際，輔公祏誣陷是杜伏威讓他造反的，並且闞稜也參與了其中。