主線劇情有以下集數：
1、新一變柯南
TV1-2集
新一暗中觀察的毛病始終改不了，這一次不走運的新一看見了神秘組織和某公司社長進行秘密交易，看的正起勁的時候不料被後面來的琴酒當頭一悶棍幹趴下。
變小後的新一來到了阿笠博士這裡，說明原委後博士相信了他，不料小蘭的突然造訪，情急之下的新一急中生智，以江戶川柯南的身份矇混過關。
2、服部識破柯南身份
TV59-60集
透過細心的觀察和推理，服部還是懷疑柯南的身份，作死的柯南把麻醉槍對準了服部，醒來的服部發現事情並不簡單，威逼利誘下，柯南道出了實情。兩人正式成為好基友。
3、雪莉出場
TV135-141集
琴酒利用明美搶劫玩十億元后便殺死了明美，雪莉對這件事耿耿於懷，組織也沒有給一個明確的說法。
雪莉以停止研究為要挾，後被組織關押起來等待發落，期間雪莉偷偷服下了私藏的A藥，逃出去的雪莉也是來到了阿笠博士這裡，被博士發現後收養，化名為灰原哀。
中間灰原對柯南說了一句很意味深長的話：工藤，我想你從來沒想過吧，半世紀前你已經在我們組織進行的秘密計劃中，已經有很大關聯了。
4、再會琴酒
TV176-178
琴酒接到組織的任務殺掉吞口議員，期間灰原和柯南發現了琴酒的車子保時捷356A，柯南在車上裝上了竊聽器，上車不久後，琴酒就發現了竊聽器和一根啡色的頭髮。
匹斯可順利的殺死了吞口議員的同時也發現了灰原哀的真實身份，灰原被帶到一個酒窖裡，後來經過柯南的指點，灰原暫時恢復了身體逃到了屋頂，卻不料琴酒早已等候多時。
趕來救援的柯南一針射向了琴酒，灰原趁機從煙囪逃回酒窖。
5、人魚篇
TV241-243集
柯南一家和服部兩口子來到了人魚島觀光，期間接二連三的發生命案，柯南調查名冊的時候發現了宮野志保的名字，其中還有黑澤陣和魚冢三郎的名字，這兩個名字可能是琴酒和伏特加的真名。
6、紐約篇
TV308-310集
新一和小蘭救下了假扮成殺人魔的貝爾摩德，這也為以後滿月篇貝姐放過柯南埋下伏筆。
7、板倉卓的日記
TV332-336集
半倉做受到組織的威脅，要求其開發出一種未知軟體，但是板倉卓說為了全人類，自己不能開發這種軟體，期間板倉卓和貝爾摩德有一段意味深長的對話，我們既是上帝也是惡魔，我們要逆轉時間的洪流，讓死人復活。
8、宮野志保的錄音帶
TV363-366集
貝姐發現灰原哀的真實身份，灰原哀在廁所裡找到了宮野艾蓮娜留下的錄音帶。重點是錄音帶的內容，錄音帶的前18卷提到了愛蓮娜正在研究一種藥物，大機率就是A藥。
9、滿月篇
TV371-375集
朱蒂發現了貝爾摩德就是沙朗溫亞德，想借此除掉她，卻不料被貝姐反打一波，命懸一線的時候，赤井秀一出來向貝姐開了一槍，雖說有防彈衣的保護，但還是被打斷了三根肋骨。
情急之下的貝姐挾持柯南逃跑，柯南在身上裝了收訊裝置，監聽到貝姐和BOSS聯絡的郵箱聲音。
貝姐發現後用催眠瓦斯讓柯南睡著，而自己則用手槍打自己保持清醒，柯南醒來後發現裝置都被破壞，而身上則蓋著貝姐的衣服。
10、黑色的衝擊
TV459-463集
組織成員水無憐奈、基安蒂、科恩出場，暗殺任務被柯南、FBI阻止
11、黑色的影子
TV502-505集
貝爾摩德去水無憐奈出事目擊者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利偵探事務所做客時有意無意的把話題引向水無憐奈，並希望柯南等人前去調查，引起了柯南的警覺。
12、紅黑篇
TV538-551集
非常非常經典的一個主線篇，水無伶奈執行任務返程後出車禍被FBI救下，期間發現水無伶奈的真實身份是CAI的成員，是在黑衣組織的臥底，也確認了本堂瑛佑和水無伶奈是姐弟關係。
琴酒設計找到了水無伶奈並且最終成功營救水無伶奈，但是回到組織的水無伶奈似乎被懷疑忠誠度，於是琴酒要求她約出赤井秀一併殺死他，水無伶奈按照要求殺死了赤井秀一。
13、列車篇
TV753-756集
組織發現雪莉乘坐了這一趟的列車，並計劃殺死雪莉，派出貝姐和波本來執行這一次任務，但柯南早就看穿了這一切，聯絡怪盜基德假扮雪莉，期間柯南一行人救下灰原哀。
列車到站之後，貝姐發現雪莉還活著，但是貝姐並沒有向上報告，波本也開始懷疑赤井秀一死亡的真實性！
14、世良真純巧妙的安排
TV812-813集
世良有意讓柯南看到自己與一位神秘少女的合影。少女身體虛弱，與世良相像，要求世良稱其為“領域外的妹妹”。
15、緋色篇
TV779-783集
非常關鍵的主線篇，上承列車紅黑篇，下接朗姆篇。波本為了驗證自己的懷疑，聯手貝姐調查赤井秀一假死的事情，波本的疑慮得到了驗證，赤井秀一確實還活著，但並不知道就是以衝矢昴的身份或者。
緋色篇的結尾出現了經典的紅茶遊戲，三個骷髏頭杯墊最後都消失了。最後赤井秀一展示了水無伶奈發來的RUM的訊息。
16、領妹出場
TV839-840集
主線劇情有以下集數：
1、新一變柯南
TV1-2集
新一暗中觀察的毛病始終改不了，這一次不走運的新一看見了神秘組織和某公司社長進行秘密交易，看的正起勁的時候不料被後面來的琴酒當頭一悶棍幹趴下。
變小後的新一來到了阿笠博士這裡，說明原委後博士相信了他，不料小蘭的突然造訪，情急之下的新一急中生智，以江戶川柯南的身份矇混過關。
2、服部識破柯南身份
TV59-60集
透過細心的觀察和推理，服部還是懷疑柯南的身份，作死的柯南把麻醉槍對準了服部，醒來的服部發現事情並不簡單，威逼利誘下，柯南道出了實情。兩人正式成為好基友。
3、雪莉出場
TV135-141集
琴酒利用明美搶劫玩十億元后便殺死了明美，雪莉對這件事耿耿於懷，組織也沒有給一個明確的說法。
雪莉以停止研究為要挾，後被組織關押起來等待發落，期間雪莉偷偷服下了私藏的A藥，逃出去的雪莉也是來到了阿笠博士這裡，被博士發現後收養，化名為灰原哀。
中間灰原對柯南說了一句很意味深長的話：工藤，我想你從來沒想過吧，半世紀前你已經在我們組織進行的秘密計劃中，已經有很大關聯了。
4、再會琴酒
TV176-178
琴酒接到組織的任務殺掉吞口議員，期間灰原和柯南發現了琴酒的車子保時捷356A，柯南在車上裝上了竊聽器，上車不久後，琴酒就發現了竊聽器和一根啡色的頭髮。
匹斯可順利的殺死了吞口議員的同時也發現了灰原哀的真實身份，灰原被帶到一個酒窖裡，後來經過柯南的指點，灰原暫時恢復了身體逃到了屋頂，卻不料琴酒早已等候多時。
趕來救援的柯南一針射向了琴酒，灰原趁機從煙囪逃回酒窖。
5、人魚篇
TV241-243集
柯南一家和服部兩口子來到了人魚島觀光，期間接二連三的發生命案，柯南調查名冊的時候發現了宮野志保的名字，其中還有黑澤陣和魚冢三郎的名字，這兩個名字可能是琴酒和伏特加的真名。
6、紐約篇
TV308-310集
新一和小蘭救下了假扮成殺人魔的貝爾摩德，這也為以後滿月篇貝姐放過柯南埋下伏筆。
7、板倉卓的日記
TV332-336集
半倉做受到組織的威脅，要求其開發出一種未知軟體，但是板倉卓說為了全人類，自己不能開發這種軟體，期間板倉卓和貝爾摩德有一段意味深長的對話，我們既是上帝也是惡魔，我們要逆轉時間的洪流，讓死人復活。
8、宮野志保的錄音帶
TV363-366集
貝姐發現灰原哀的真實身份，灰原哀在廁所裡找到了宮野艾蓮娜留下的錄音帶。重點是錄音帶的內容，錄音帶的前18卷提到了愛蓮娜正在研究一種藥物，大機率就是A藥。
9、滿月篇
TV371-375集
朱蒂發現了貝爾摩德就是沙朗溫亞德，想借此除掉她，卻不料被貝姐反打一波，命懸一線的時候，赤井秀一出來向貝姐開了一槍，雖說有防彈衣的保護，但還是被打斷了三根肋骨。
情急之下的貝姐挾持柯南逃跑，柯南在身上裝了收訊裝置，監聽到貝姐和BOSS聯絡的郵箱聲音。
貝姐發現後用催眠瓦斯讓柯南睡著，而自己則用手槍打自己保持清醒，柯南醒來後發現裝置都被破壞，而身上則蓋著貝姐的衣服。
10、黑色的衝擊
TV459-463集
組織成員水無憐奈、基安蒂、科恩出場，暗殺任務被柯南、FBI阻止
11、黑色的影子
TV502-505集
貝爾摩德去水無憐奈出事目擊者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利偵探事務所做客時有意無意的把話題引向水無憐奈，並希望柯南等人前去調查，引起了柯南的警覺。
12、紅黑篇
TV538-551集
非常非常經典的一個主線篇，水無伶奈執行任務返程後出車禍被FBI救下，期間發現水無伶奈的真實身份是CAI的成員，是在黑衣組織的臥底，也確認了本堂瑛佑和水無伶奈是姐弟關係。
琴酒設計找到了水無伶奈並且最終成功營救水無伶奈，但是回到組織的水無伶奈似乎被懷疑忠誠度，於是琴酒要求她約出赤井秀一併殺死他，水無伶奈按照要求殺死了赤井秀一。
13、列車篇
TV753-756集
組織發現雪莉乘坐了這一趟的列車，並計劃殺死雪莉，派出貝姐和波本來執行這一次任務，但柯南早就看穿了這一切，聯絡怪盜基德假扮雪莉，期間柯南一行人救下灰原哀。
列車到站之後，貝姐發現雪莉還活著，但是貝姐並沒有向上報告，波本也開始懷疑赤井秀一死亡的真實性！
14、世良真純巧妙的安排
TV812-813集
世良有意讓柯南看到自己與一位神秘少女的合影。少女身體虛弱，與世良相像，要求世良稱其為“領域外的妹妹”。
15、緋色篇
TV779-783集
非常關鍵的主線篇，上承列車紅黑篇，下接朗姆篇。波本為了驗證自己的懷疑，聯手貝姐調查赤井秀一假死的事情，波本的疑慮得到了驗證，赤井秀一確實還活著，但並不知道就是以衝矢昴的身份或者。
緋色篇的結尾出現了經典的紅茶遊戲，三個骷髏頭杯墊最後都消失了。最後赤井秀一展示了水無伶奈發來的RUM的訊息。
16、領妹出場
TV839-840集