原因：

1.山川佈局：因為瀾滄江—湄公河的山河分佈主要是山川相間，導致河道較窄，尤其上游河段兩岸陡峭，河內淺灘、暗礁密佈。

2.落差較大：瀾滄江—湄公河地區的上游與下游的落差較大，水流湍急，不利於航行。尤其是逆流行船非常難，非常慢，順流航行時船速不好控制，觸礁事故較多。

3.下游國家不配合：瀾滄江—湄公河的區域國家，除泰國發展較快以外，其餘國家發展較慢，因此，下游國家的航運需求不是很旺盛。由於中國單方面的航運需求很旺盛，曾向下遊國家發出共同建設大湄公河區域的訊號，但下游國家航運需求量低。

4.生態原因：瀾滄江—湄公河區域是卡斯特地形地貌區，地形地貌非常複雜，尤其中國境內的上游河道，暗流、暗洞、暗礁、陡坡、急彎等險狀多如牛毛，因此，對航道的開發帶來的難題非常多。

5.季風影響：受印度洋的西南季風影響，瀾滄江—湄公河地區的河水的豐水期與枯水期較為明顯，冬季河水流量不足，影響河道寬度，夏季河水暴漲，河道超寬，航道定位較難。水流不穩定是航行的大敵。

6.人的因素：湄公河流域多是三不管或軍閥控制的地區，民族眾多，政治治安環境較亂，慘烈的“湄公河慘案”就發生在這裡。基礎設施落後，加之下游多是不發達國家，不會投入大量資金建設，不利於大規模的貨物運輸與經濟交流。