子宮內膜薄是由多種因素引起的，最常見的是內分泌失調、感染和宮腔操作。

疾病因素

內分泌失調

如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障礙和生長激素缺乏等均可能導致子宮內膜薄，常見疾病有卵巢功能不足、卵巢早衰等。

感染

急性或慢性宮腔感染均可導致子宮內膜基底層的破壞，包括細菌性感染、生殖系統結核、支原體感染、衣原體感染等。其可表現為宮頸、子宮內膜、輸卵管、卵巢等多部位受累。如結核性子宮內膜炎等。

宮腔操作

臨床上影響子宮內膜的操作包括人工流產、刮宮、宮腔鏡下肌瘤切除、子宮內膜息肉摘除及穿透宮腔的腹腔鏡下子宮肌瘤切除術等均可能損傷子宮內膜，導致內膜菲薄、宮腔粘連。

先天性子宮畸形

某些先天性子宮畸形的患者也會出現先天子宮內膜薄的情況。

藥物因素

長期服用避孕藥等相關。

生活方式

長期熬夜影響卵巢功能，間接影響內膜。

年齡

有研究表明，子宮內膜薄在年齡大的女性中更常見，在自然週期中，年齡≤40歲的女性的子宮內膜薄發生率為5%，而在年齡>40歲的女性中，其發生率高達25%。

高齡患者中，調節生殖系統免疫功能的生物活性物質明顯減少，導致子宮內膜細胞生長和分化障礙，提示子宮內膜厚度與年齡呈負相關。