主要區別在於機械電子工程是偏重於機械自動化，自動化專業適用於各行業的自動化控制。　　機械電子工程專業培養具有機械電子工程專業基礎知識與專業技能，能在生產一線從事機械電子工程專業產品的設計製造、控制開發、應用研究和生產管理等工作的應用型高階專門人才；培養能在中、高等職業教育領域從事機電一體化專業的理論教學、專業實踐指導和學生管理工作的複合型職教師資。

1．具有製圖、機電訊號採集轉換與檢測、機電系統微機與PLC控制、文獻檢索等基本技能。

2．具有較強的數控機床操作、除錯、維修、維護等實際操作技能。

3．具備運用現代技術手段測試機電引數、合理運用機電裝置的能力。

4．具有機電產品的開發運用能力。5. 具有機械、電子、數碼等產品結構研發設計的能力。6. 具有機械、電子相關生產企業及研發機構的管理能力。　　自動化專業培養的學生具備電工技術、電子技術、控制理論、自動檢測與儀表、資訊處理、系統工程、計算機技術與應用和網路技術等較寬廣領域的工程技術基礎和一定的專業知識，能在運動控制、工業過程控制、電力電子技術、檢測與自動化儀表、電子與計算機技術、資訊處理、管理與決策等領域從事系統分析、系統設計、系統執行、科技開發及研究等方面工作的高階工程技術人才。