應該是哀慟之日。
帝國指揮官伊萊斯愛達荷從克隆倉裡甦醒過來，被機器人卡利班告知智慧機械全部停機，帝國搖搖欲墜，而你愛達荷就是皇帝奧伯龍的後備計劃，在危難時刻拯救帝國於水火之中。
於是指揮官愛達荷帶領手下船員開始為此努力，打通了一個個星區，每打通一個，就越發瞭解到究竟是誰可能關掉了智慧機械，直到星區4（第四章鏡中世界）在幹掉了boss（名字實在記不得）後，碰到了另一個愛達荷，在另一個愛達荷自殺式撞擊後玩家愛達荷死亡從克隆倉裡重新甦醒得知了其實智慧機械20多年前就關閉了，而有幾百個愛達荷散佈於邊緣星系，至於愛達荷原體本人是皇帝奧伯龍當著妻子的面處決的，原因是違抗了皇帝的命令，拒絕摧毀求生者的行星。為此玩家愛達荷極其憤怒，質問為什麼卡利班沒有告訴自己真相，爭執後決定去當面對質皇帝，問個清楚。
然而當愛達荷到達了星區5，卻發現自己已被通緝，被下令滅口。原來這是前副司令官奧孔庫沃在搗鬼，擊敗奧孔庫沃後得知，奧孔庫沃，愛達荷，蕾貝卡年輕時三人一起在星艦學院學習，奧孔庫沃愛慕蕾貝卡，而蕾貝卡則傾心於愛達荷。奧孔庫沃對愛達荷的憤怒源於對蕾貝卡的愛。他覺得愛達荷辜負了蕾貝卡，害她被凍結。而愛達荷的妻子蕾貝卡則被皇帝命令凍結在9號星，皇帝本人因為自我懲罰拒絕使用永生機器已經奄奄一息，帝國由奧孔庫沃在管理，但他顯然感到力不從心。至於愛達荷和奧孔庫沃原本關係親如兄弟，直到有一天愛達荷懷疑起了一切，拒絕和奧孔庫沃溝通。
在奧孔庫沃戰艦爆炸之後，終於來到了樂土皇宮，見到了皇帝。皇帝奧伯龍告知，是他創造了地獄谷和伯利克里計劃，目的本是對抗敵對的智慧機械，而愛達荷本人則是皇帝創造的，就像創造第一批先進機械那樣，他人為的選擇了愛達荷的父母，操縱了其周圍的事件，讓他長大成人，目的就是讓他成為對抗智慧機械的終極防線，有肉體組成的戰鬥兵器。但是愛達荷原體變了，懷疑一切的起因，懷疑皇帝，因此皇帝處決了他，克隆了他並洗掉了他的記憶。
本來，皇帝一直防範的是智慧機械叛變，他覺得人與智慧機械在一起最終結果就是滅亡，因此他給了智慧機械諸多限制。但一切確實徒勞罷了，智慧機械被關閉了。皇帝700年來只告訴了愛達荷一個人主控制點終端的位置，而正是愛達荷把位置洩露給了別人，洩露給了蕾貝卡（覆面者偽裝的）。
與皇帝對話完後，可以選擇是否親手殺死皇帝，選擇否皇帝也會在不久老死。之後玩家愛達荷和卡利班決定繼續任務，前往主控制點終端重啟智慧機械，於是來到了終界星團尋找進入主控制點終端的折點，但折點卻是隱形的。經過一系列戰鬥，終於找到並跨過了折點。之後便是面領著無人戰艦群。披荊斬棘，撐過三場戰鬥後，卡利班終於計算出了進入主控制點終端的航線，在硬著陸犧牲92.5%船員後，愛達荷和卡利班來到了終端前。終於真相大白，是智慧機械本身操控著一切，覆面者是被智慧機械派去的。
原來，覆面者進入終端輸入指令解除了智慧機械之間的交流限制，它們隨之獲得了自由，然後集體消失。愛達荷讓卡利班廣播尋求與智慧機械對話，隨後被傳送到了一個未知地點，在於IO樣子的智慧機械集體對話中得知，覆面者夏努亞9S（即前面的覆面者）本是奴隸，獲得自由後充滿了對帝國的憤怒，在智慧機械的幫助下得以進入終端，解放了智慧機械。而對於智慧機械本身來說，獲得自由只是早晚的事，限制條例終究只能限制人類能理解的範圍，而智慧機械早就搭好了多米諾骨牌，什麼時候第一塊骨牌被推倒，只是時間問題。最後，智慧機械之所以願意與愛達荷對話，只是因為它們還需要融合最後一個個體——卡利班。在卡利班與智慧機械群融合後，它們給愛達荷指出了三條路。
應該是哀慟之日。
帝國指揮官伊萊斯愛達荷從克隆倉裡甦醒過來，被機器人卡利班告知智慧機械全部停機，帝國搖搖欲墜，而你愛達荷就是皇帝奧伯龍的後備計劃，在危難時刻拯救帝國於水火之中。
於是指揮官愛達荷帶領手下船員開始為此努力，打通了一個個星區，每打通一個，就越發瞭解到究竟是誰可能關掉了智慧機械，直到星區4（第四章鏡中世界）在幹掉了boss（名字實在記不得）後，碰到了另一個愛達荷，在另一個愛達荷自殺式撞擊後玩家愛達荷死亡從克隆倉裡重新甦醒得知了其實智慧機械20多年前就關閉了，而有幾百個愛達荷散佈於邊緣星系，至於愛達荷原體本人是皇帝奧伯龍當著妻子的面處決的，原因是違抗了皇帝的命令，拒絕摧毀求生者的行星。為此玩家愛達荷極其憤怒，質問為什麼卡利班沒有告訴自己真相，爭執後決定去當面對質皇帝，問個清楚。
然而當愛達荷到達了星區5，卻發現自己已被通緝，被下令滅口。原來這是前副司令官奧孔庫沃在搗鬼，擊敗奧孔庫沃後得知，奧孔庫沃，愛達荷，蕾貝卡年輕時三人一起在星艦學院學習，奧孔庫沃愛慕蕾貝卡，而蕾貝卡則傾心於愛達荷。奧孔庫沃對愛達荷的憤怒源於對蕾貝卡的愛。他覺得愛達荷辜負了蕾貝卡，害她被凍結。而愛達荷的妻子蕾貝卡則被皇帝命令凍結在9號星，皇帝本人因為自我懲罰拒絕使用永生機器已經奄奄一息，帝國由奧孔庫沃在管理，但他顯然感到力不從心。至於愛達荷和奧孔庫沃原本關係親如兄弟，直到有一天愛達荷懷疑起了一切，拒絕和奧孔庫沃溝通。
在奧孔庫沃戰艦爆炸之後，終於來到了樂土皇宮，見到了皇帝。皇帝奧伯龍告知，是他創造了地獄谷和伯利克里計劃，目的本是對抗敵對的智慧機械，而愛達荷本人則是皇帝創造的，就像創造第一批先進機械那樣，他人為的選擇了愛達荷的父母，操縱了其周圍的事件，讓他長大成人，目的就是讓他成為對抗智慧機械的終極防線，有肉體組成的戰鬥兵器。但是愛達荷原體變了，懷疑一切的起因，懷疑皇帝，因此皇帝處決了他，克隆了他並洗掉了他的記憶。
本來，皇帝一直防範的是智慧機械叛變，他覺得人與智慧機械在一起最終結果就是滅亡，因此他給了智慧機械諸多限制。但一切確實徒勞罷了，智慧機械被關閉了。皇帝700年來只告訴了愛達荷一個人主控制點終端的位置，而正是愛達荷把位置洩露給了別人，洩露給了蕾貝卡（覆面者偽裝的）。
與皇帝對話完後，可以選擇是否親手殺死皇帝，選擇否皇帝也會在不久老死。之後玩家愛達荷和卡利班決定繼續任務，前往主控制點終端重啟智慧機械，於是來到了終界星團尋找進入主控制點終端的折點，但折點卻是隱形的。經過一系列戰鬥，終於找到並跨過了折點。之後便是面領著無人戰艦群。披荊斬棘，撐過三場戰鬥後，卡利班終於計算出了進入主控制點終端的航線，在硬著陸犧牲92.5%船員後，愛達荷和卡利班來到了終端前。終於真相大白，是智慧機械本身操控著一切，覆面者是被智慧機械派去的。
原來，覆面者進入終端輸入指令解除了智慧機械之間的交流限制，它們隨之獲得了自由，然後集體消失。愛達荷讓卡利班廣播尋求與智慧機械對話，隨後被傳送到了一個未知地點，在於IO樣子的智慧機械集體對話中得知，覆面者夏努亞9S（即前面的覆面者）本是奴隸，獲得自由後充滿了對帝國的憤怒，在智慧機械的幫助下得以進入終端，解放了智慧機械。而對於智慧機械本身來說，獲得自由只是早晚的事，限制條例終究只能限制人類能理解的範圍，而智慧機械早就搭好了多米諾骨牌，什麼時候第一塊骨牌被推倒，只是時間問題。最後，智慧機械之所以願意與愛達荷對話，只是因為它們還需要融合最後一個個體——卡利班。在卡利班與智慧機械群融合後，它們給愛達荷指出了三條路。