電子商務企業的組織結構的優勢：

1、市場全球化：凡是能夠上網的人，都將被包容在一個市場中，有可能成為上網企業的客戶。

2、交易的快捷化：電子商務能在世界各地瞬間完成傳遞與計算機自動處理，而且無須人員干預，加快了交易速度。

3、交易虛擬化

透過以網際網路為代表的計算機網際網路絡進行的貿易，雙方從開始洽談、簽約到訂貨、支付等，無須當面進行，均透過計算機網際網路絡完成，整個交易完全虛擬化。

4、成本低廉化：由於透過網路進行商務活動，資訊成本低，足不出戶，可節省交通費，且減少了中介費用，因此整個活動成本大大降低。

5、交易透明化：電子商務中的雙方的洽談、簽約，以及貨款的支付、交貨的通知等整個交易過程都在電子螢幕上顯示，因此顯得比較透明。

6、交易標準化：電子商務的操作要求按統一的標準進行。

電子商務企業的組織結構的劣勢：

1、使用者消費觀念跟不上。

2、搜尋功能不夠完善；現有搜尋引擎僅僅能對5億網頁建立索引；仍然有一半不能索引。

3、網路自身有侷限性，人們無法從網上得到商品的全部資訊，尤其是無法得到對商品的最鮮明的直觀印象。在這一模式下，只有依靠網站的製作和網頁設計家對網頁把握更加好的模式，向消費者展示商品。

4、交易的安全性得不到保障，電子商務的安全問題其實也是人與人之間的誠信問題，和現實商業貿易相識，均需雙方的共同協作和努力。電子商務的未來，需要所有網民的共同協作。