臨床發現，頭孢菌素類抗生素存在以下幾種常見不良反應： 　　（1）過敏反應。頭孢菌素類藥物可致皮疹、蕁麻疹、哮喘、藥物熱、血清病樣反應、血管神經性水腫、過敏性休克等不良反應。頭孢菌素的過敏性休克類似青黴素休克反應。兩類藥物間呈現不完全的交叉過敏反應。因此，對青黴素過敏及過敏體質者應慎用，有的產品在說明書中規定用前皮試，應參照執行。 　　（2）胃腸道反應和菌群失調。多數頭孢菌素可致噁心、嘔吐、食慾不振等反應。頭孢菌素類藥物對腸道菌群有較強的抑制作用，長期或大劑量使用頭孢菌素類抗生素可致菌群失調，引起維生素B族和K缺乏。另外，也可引起二重感染，如偽膜性腸炎、念珠菌感染等，尤以第二、三代頭孢菌素為甚。 　　（3）肝毒性。多數頭孢菌素大劑量應用可導致氨基轉移酶、鹼性磷酸酯酶、血膽紅素等值的升高。 　　（4）造血系統毒性。頭孢菌素偶可致紅細胞或白細胞減少、血小板減少、嗜酸性細胞增多等。 　　（5）腎損害。絕大多數的頭孢菌素由腎排洩，偶可致血液尿素氨、血肌酐值升高、少尿、蛋白尿等。其中頭孢噻啶的腎損害作用最顯著。頭孢菌素與高效利尿藥或氨基糖苷類抗生素合用，腎損害顯著增強。 　　（6）凝血功能障礙。由於頭孢菌素抗生素都能抑制腸道菌群產生維生素K，使凝血機制發生障礙，因此具有潛在的致出血作用。凝血功能障礙的發生與頭孢菌素抗生素藥物的用量大小，療程長短直接有關。 　　（7）與乙醇聯用產生“雙硫醒”樣反應。雙硫醒能抑制乙醛脫氫酶，使飲酒者體內乙醛蓄積產生難受反應而用於戒酒。含硫甲基四氮唑基團的頭孢菌素有類雙硫醒的功能。當與乙醇聯合應用時（喝酒或者接觸酒精等），也可引起體內乙醛蓄積而呈“醉酒狀”。