第一，有機食品在生產加工過程中絕對禁止使用農藥、化肥、激素等人工合成物質，並且不允許使用基因工程技術；其它食品則允許有限使用這些物質，並且不禁止使用基因工程技術。如綠色食品對基因工程技術和輻射技術的使用就未作規定。

第二，有機食品在土地生產轉型方面有嚴格規定。考慮到某些物質在環境中會殘留相當一段時間，土地從生產其它食品到生產有機食品需要兩到三年的轉換期，而生產綠色食品和無公害食品則沒有轉換期的要求。

第三，有機食品在數量上進行嚴格控制，要求定地塊、定產量，生產其它食品沒有如此嚴格的要求。

有機食品與綠色及無公害食品的顯著區別在於：有機食品在生產加工過程中絕對禁止使用農藥、化肥、除草劑、合成色素、激素、防腐劑、香精等人工合成物質，綠色及無公害食品則可以有限度的使用這些物質。

因此有機食品的生產要比其他食品難得多，需要建立全新的生產和監控體系，採用相應的病蟲害防治、地力保持、種子培育和產品加工儲存等替代技術。

無公害食品是按照相應生產技術標準生產的、符合通用衛生標準並經有關部門認定的安全食品。嚴格來講，無公害是食品的一種基本要求，普通食品都應達到這一要求。

綠色食品是遵循可持續發展原則，按照特定生產方式生產，經專門機構認證，許可使用綠色食品標誌的無汙染的安全、優質、營養類食品。由於與環境保護有關的事物國際上通常都冠之以“綠色”，為了更加突出這類食品出自良好生態環境，因此定名為綠色食品。

綠色食品是中國農業部門推廣的認證食品，分為A級和AA級兩種。其中A級綠色食品生產中允許限量使用化學合成生產資料，AA級綠色食品則較為嚴格地要求在生產過程中不使用化學合成的肥料、農藥、獸藥、飼料新增劑、食品新增劑和其它有害於環境和健康的物質。