扁桃體結石是一些食物的殘渣和細菌的代謝物、一些炎症的增生物集結而形成的，有臭味，而且容易反覆形成。

正常扁桃體被結締組織上皮覆蓋，上皮向扁桃體內部陷入形成10～20個隱窩，隱窩中含有脫落的上皮細胞、淋巴細胞及細菌等。正常情況下，由於扁桃體表面上皮完整和粘液腺不斷分泌，可將細菌隨同脫落的上皮細胞從隱窩口排出，因此保持著機體的健康。如果反覆發炎，粘液分泌減少，食物的殘渣向隱窩內蓄積，那是細菌的最愛。

正常情況下，口腔有數以億計的細菌寄生，大約85%是有益菌，15%要麼是致病菌或條件致病菌。其中最常見的致病菌就是溶血性鏈球菌、葡萄球菌和肺炎球菌等到病菌，一旦急性致病，大量的膿點就在隱窩內出現。如果變成慢性扁桃體炎，這些腐敗物就堆積在隱窩內，形成結石。

有扁桃體結石，可以沒有任何症狀，也可以有咽部不適、異物感、輕度痛感、口臭等。透過擠壓可以排出結石。美國醫生透過CT檢查，發現大約6%的人有扁桃體結石。

如果扁桃體結石反覆出現，平時注意保持口腔衛生，飯後刷牙，儘量舌根部也刷乾淨，也注意清水漱口，多喝些檸檬水，檸檬酸可以分解口腔的結石，形成可以溶於水的檸檬酸鈣螯合物。如果有口臭，或者交叉免疫引起腎炎、心肌炎等情況，可以考慮切除扁桃體，這也是根治扁桃體結石的最徹底的方法。