土壤微生物的種類很多，有細菌、真菌、放線菌、藻類 和原生動物等。土壤微生物的數量也很大，l克土壤中就有幾億到幾百億個。l畝地耕層土壤中，微生物的重量有幾百斤到上千斤。土壤越肥沃，微生物越多。

　　微生物在土壤中的主要作用如下：

　　(一)分解有機質 作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機肥料，只有經過土壤微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養元素，供作物利用；並且形成腐殖質，改善土壤的理化性質。

　　(二)分解礦物質 例如磷細菌能分解出磷礦石中的磷，鉀細菌能分解出鉀礦石中的鉀，以利作物吸收利用。

　　(三)固定氮素 氮氣在空氣的組成中佔4／5，數量很大，但植物不能直接利用。土壤中有一類叫做固氮菌的微生物，能利用空氣中的氮素作食物，在它們死亡和分解後，這些氮素就能被作物吸收利用。固氮菌分兩種，一種是生長在豆科植物根瘤內的，叫根瘤菌，種豆能夠肥田，就是因為根瘤菌的固氮作用增加了土壤裡的氮素；另一類單獨生活在土壤裡就能固定氮氣，叫自生固氮菌。另外，有些微生物在土壤中會產生有害的作用。例如反硝化細菌，能把硝酸鹽還原成氮氣，放到空氣裡去，使土壤中的氮素受到損失。 實行深耕、增施有機肥料、給過酸的土壤施石灰、合理灌溉和排水等措施，可促進土壤中有益微生物的繁殖，發揮微生物提高土壤肥力的作用。

人為施有機肥也是重要的氮元素補充手段，植物的生長則是土壤氮元素消耗途徑。