1905年9月5日，日俄兩國簽訂《朴茨茅斯條約》，計正約十五款，附約兩款。其中涉及到中國主權的內容主要有：

一、俄國將包括旅順口、大連灣在內的遼東半島租借地，及附屬的一切公共財物，讓與日本；

二、俄國將從長春到旅順口的鐵路及其一切支線，鐵路區域內所附屬的一切權益、財產讓與日本；

三、兩國在東三省各自經營的鐵路，只限於工商業用，不得用於軍事目的，但遼東半島租借地內的鐵路不在此限；

四、以十八月為限，日俄兩國軍隊同時撤出滿洲，同時，為了保衛各自的鐵路，可留駐守備兵，每公里不超過十五名。

此外，條約還規定：俄國以北緯50度為界，將庫頁島的南半部及附近的一切島嶼割讓與日本，俄國政府還承認日本在北韓享有政治、軍事、經濟上的特殊權益等等。這樣，日俄戰爭以俄國的失敗和日本的勝利而告終。

但是，日本從俄華人那裡私相承受下來的諸種特權，必須經過清政府的同意後才能生效。於是在與俄華人談判結束之後，日本人轉過身來即向清政府施加壓力，逼使它允以承認，以使得自己從俄華人手中奪得的權益合法化。同時，它不僅僅是要迫使清政府承認在《朴茨茅斯條約》中從俄華人手中承受下來的權益，而且更要藉此時機，從中國攫取新的特權。從1905年11月17日開始，小村壽太郎特意來華，與奕勖、袁世凱等人進行長達五個星期的談判，並於12月22日簽訂了中日《會議東三省事宜下約及附約》。條約中規定：清政府將俄國按照《朴茨茅斯條約》之規定所轉讓與日本的一切權利，一概照允。在附約中，日本又從清政府手中攫得一系列新的特權，主要有：

一、在日俄撤軍之後，清政府須從速將奉天的鳳凰城、遼陽、新民等地牛六處開為商埠；

二、戰爭期間日本所修之鐵路，由日本在1908年之前加以改良，仍由日本經營到1923年，屆期估價賣與中國；

三、設立一箇中日木植公司，在鴨綠江右岸採伐木植；

四、中朝交界的陸路通商，彼此應按照相待最優國之例辦理。