在胚胎第三週未，在心房腔的前背部長出第一房間縱隔，到胚胎第五六週，在第一房隔右側長出第二房隔，此隔向心內膜墊延伸生長，其遊離緣留下一道孔即為卵圓孔，隨著心腔繼續成長，兩個房隔逐漸接近粘合，房間孔被掩蓋閉合，第一房隔成為卵圓孔的簾幕，阻止血液自左房流向右房。

來自母體的動脈血經臍靜脈進入建胎兒體內，其中一支靜脈導管入下腔靜脈，與來自下半身的靜脈血混合，共同流入右心房；此混合血部分經卵圓孔到左心房，再經左心室流入升主動脈，主要供應心、腦及上肢，其餘流入右心室；從此可見卵圓孔從胚胎髮育開始是一直存在的而且發揮著巨大的作用。出生後臍血管阻斷，臍一胎盤 迴圈終止，新生兒呼吸建立，肺臟開始進行有效的氣體交換，肺迴圈阻力下降，從右心經肺動脈流入肺的血流量增多，使肺靜脈迴流至左心房的血量也增多，左心房壓力因而增高；當左心房壓力超過右心房時，卵圓孔瓣膜先在功能上關閉，到生後5~7個月，解剖上大多閉合，同時，由於肺迴圈壓力的降低和體迴圈壓力的升高，流經動脈導管的血流逐漸減少，最後停止，形成功能上關閉；此外還因血氧增高，致使導管平滑肌收縮，故導管壁逐漸閉塞，80% 嬰兒於生後3個月、95%的嬰兒於生後一年內形成解剖上的關閉。

所以說新生兒卵圓孔未閉是正常生理現象，如果不伴有其他缺損，只是卵圓孔未閉，到一定時間是可以閉合的，如果伴有其他如房間隔缺損的情形，則應該定期超聲心動圖檢查。