首先承認，朱元璋的反貪腐手段，可謂雷厲風行，懲罰殘酷。對於貪腐官員的懲處，手段用盡，除了殺頭抄家外，肉刑極其殘酷，如剝皮，抽筋，凌遲處死等，可謂駭人聽聞。

為什麼沒有徹底根除貪腐行為，以至後來愈演愈烈呢？很簡單，封建專制社會，是產生腐敗的最好溫床。即朱元璋的反腐，實際等於治表不治本。封建專制皇帝，本身是腐敗的總頭子。因為皇帝不受任何法律及任何人監督。皇帝老子可以為所欲為，可以驕奢淫逸，可以荒淫無道，大臣只有勸諫的份兒，搞不好，大臣的腦袋要搬家，且禍滅九族。皇帝絕對不會革自己的命，自己監督自己。

再則，封建專制制度縱容腐敗。皇帝老兒明白，光靠那點奉祿，養活不了官員的，對其貪汙受賄，收刮地皮，睜一隻眼，閉一隻眼。社會普遍信奉，千里來做官，為的是發財。當官的目的，就是為了升官發財，榮華富貴。

專制制度，表面提倡光明正大，為政清廉。樹立幾個清官形象，做為貞潔牌坊。實際，清官乃鳳毛麟角，少貪點，即為好官。皇帝老兒，有時也肅貪反腐，拿幾個貪官開刀問罪。實際，這些官員被整肅的唯一理由，乃政治上站錯了隊，貪腐不是整肅的真正理由。

如何治理貪腐，也簡單，靠民主與法制。當然，在民主法的照射下，可能產生盲區，暫時照不到的地方。但民主制度，乃是唯一根除腐敗的利器。

縱觀中國曆朝歷代，不得不說明太祖朱元璋的反腐手腕是最硬的。因為他自己是苦出身，父母兄弟可以說間接死於貪官汙吏之手，因此他最不能容忍的就是貪汙腐敗。

洪武13年，即1380年，貪官永嘉侯朱亮祖誣陷清官道同，導致朱元璋錯殺了他。在這一年的9月戰功赫赫的朱亮祖連同自己的兒子被押解到南京，隨後被朱元璋下令活活抽死，其皮和很多貪官一樣被剝下來塞滿稻草，掛起來警示其他貪官汙吏。在反腐這一點上，朱元璋對待開國功臣尚且零容忍，那麼對其他人的手腕也是可見一斑了。

然而誠如題主所說，無論是當時還是明後期，貪汙之風照樣沒被遏制住，甚至可以說明代的貪腐可以說是比較突出的。

我覺得最根本的一點，還是制度問題。我們現在提‘把權力關進制度的籠子裡"，而在一個封建國家，所謂反腐不過是皇帝一個人的反腐，沒有一套成熟的反腐機制。反不反腐，多大力度，反腐的是小螻蟻還是士大夫，全看皇帝心情。這樣的反腐只能在高壓反腐形勢下顯效一時，不可能真正杜絕反腐！

其二，在明朝關鍵還有一個工資問題。如果說明初的工資還算勉強合理的話，那麼往後發展，隨著越來越嚴重的通貨膨脹，而官員工資卻沒有相應提高。最為著名的莫過於海瑞了，眾所周知，這是一位響噹噹的清官。

但他過著怎樣的生活呢？家裡沒有傭人，衣服是新三年，舊三年，縫縫補補又三年，吃的菜是自己種的。他也算中高階官員了，在不貪的情況下過得這麼艱難，何況下面的官員呢？所以這也是有那麼多官員在貪汙的路上前仆後繼的一個原因。

其三，可能看到第二點你已經有不同意見了。我們知道在清朝，從雍正開始搞什麼高薪養廉，許多灰色收入都合法了，搞來搞去不還是出了個大貪官和珅！所以高薪也不能解決問題！我們現在有的官員貪腐，難道是他們的工資不夠高？福利不到位？配車不上檔次？恐怕是慾望太強，想要的東西太多吧！還有就是收不住手，剎不住車！當然也有身不由己！這個也是雜七雜八的原因(當然還有很多明朝當時自己的原因)

最後，話說回來，和珅之所以成為那麼大的貪官和乾隆帝的縱容是分不開的。監管根本不到位，就算有的皇帝能做到監督高官，那麼誰來監督皇帝呢？那時候不是流傳一句和珅跌倒，嘉慶吃飽的說法嗎？

所以還是得加強制度建設，最後制度搞好了執行問題才是關鍵，反腐倡廉是個幾千年歷史問題，並不是像朱元璋那樣不停的殺就能解決的，反腐道路任重道遠！

用腐敗去治理腐敗，腐敗回頭的機率是百分之百！朱元璋同志把天下作為自己的家，那麼天下最後就會把他的家家當聚為天下！腐敗是什麼引起的？首先朱元璋把天下的權利據為自己所有，開始永遠自己手中的權利去反腐，腐敗能被消滅嗎？其次，權利制度的配置居於朱元璋於一身，那麼腐敗就是藏富於家的手段，免得被其打壓後，生活都成問題，腐敗當然是官員們最保險的生活來源；最後，朱元璋可以成天下，（他的母親沒有與龍交配，他可以成天下，別人為什麼不可以呢？）沒有合理的天下歸屬的謠言！比劉邦差的好遠！

任何朝代，改變不了一個歷史規律，由衰而盛再衰迴圈。腐敗也一樣，我承認朱洪武建立大明初期，由於長期的全面戰爭，華夏大地早已千瘡百孔，民不聊生，社會極其貧困。剛剛成立的大明，急需穩定的社會，社會的穩定必須要解決民眾生活問題。一些建國有功的功臣，仗功貪腐。一個從底層上位的皇帝朱元璋，深知民眾的艱難和對貪腐的官員的痛恨。引用重典，實則想以此改變約束官員的行為，改變千百年來官場的習氣，他朱元璋基本上做到了。隨著社會的發展，經濟的逐漸好轉，制度的逐步放鬆，官員貪腐也逐步適應刑律的對策，及應對方法，官員之間互相的勾結照應，經濟的好轉，皇帝的無奈默許，司法的放開，不再嚴緊，貪腐就越演越烈，即算反腐，可能也就是做做樣子，過濾一下百姓的情緒。

反腐用重典理論上是對的，但為什麼實際效果不盡人意？其實從人性上分柝任何違揹人性的東西都是不會有長效的，也許高壓之下短期內是會有效的。

因為朱元璋對知識分子有成見，對官員很痛恨（主要是小時候的心理創傷），他對官員定的薪酬是在所有封建王朝最低的一個，一個縣令如果不貪根本就不能養活一家子人即使能養活也是省吃儉用根本不能多消費，有人會說老百姓還沒飯吃呢如果要這樣抬槓那就回到討論平均主義了；中國是個人情社會對上對下都要講人情，那點俸祿根本不可能維持，反人性的事根本不可能成功殺再多也會有人貪！