大地慈愛的神獸之王——女媧為了讓人類的生活更美好，創造了各種能變化成神兵（擁有神奇力量的兵器）的神兵獸（動物）。藉著各種神兵的不同能力，使獲得幫助的世人日子過得更愉快，比如神農尺能幫人類治百病，十方明亮幫人類指示方向，神舞能為人類帶來歡樂樂章等，人類與神獸是互相依賴，和平共處的。

可是，千百年來與女媧勢不兩立的元始天魔，一心想統治所有人類，遂派出麾下大壞蛋天地盟主，將一隻神獸魔化，成為邪惡神兵虎魄，並囚禁了女媧傳人——元首，打敗東方、南宮、西門、北冥四大地域的城主，更令所有神兵獸變成兇惡的魔兵獸， 成為人類的威脅。

南宮城城主南宮逸，在被天地盟主囚禁前，及時把一顆最厲害的神兵獸獸蛋，藉玉靈龍飛行帶走，送給兒子問天求救。問天跟妹妹問雅正代表父親到民間幫助百姓。問天手上有父親贈送的綠臂護腕，力大無窮；問雅則天生能瞭解神兵獸的言語，極得動物歡心。玉靈龍找上兩兄妹，二人知道父親遇險，決定前往相救。但奉命追蹤玉靈龍的天地盟壞蛋兇閻王亦帶著魔兵獸趕到，並襲擊問天。危急關頭，神兵獸獸蛋破殼誕生，化成神兵——天晶，將魔兵打回魔兵獸的樣子；而問雅則配合玉靈龍，把魔兵獸淨化馴服，變回善良的神兵獸。兩兄妹帶著天晶和玉靈龍上路，決意打敗天地盟主，救出父親；將所有魔兵獸淨化馴服為原來的神兵獸。途中，他們遇上了同是四大區域城主子女的西門孝、北冥雪，更結伴上路，從西門、北冥、東方及南宮一路過關斬將，雖危機重重，驚險萬分，但問天與小同伴，結合一路收集的神兵、神獸，成功排除萬難，幫助世人、拯救父親。天地盟方面不斷派出兇閻王、炎神王及各種魔兵獸阻止眾人；盟主之女——刁蠻公主鐵心亦時常前來跟問天搗蛋，二人時而打得天翻地覆，時而惺惺相惜，亦敵亦是友。