朱允炆的下落真的不好說，官方歷史在宮中自焚了，這個也是有可能的。因為朱棣是不善良的，靖難之戰說的好聽點是靖難說不好聽點就是造反啊。落到朱棣的手裡，朱棣會想盡不可能效仿周公輔政的，會想盡一切辦法把朱允炆弄死，自己才能當皇帝。所以朱允炆被俘虜了，不死也得死。只要他活著，他就是合理合法的皇帝，朱棣依然是反賊。所以也不排除是朱棣把他燒死的可能。

但是奇怪就奇怪在這，宮殿被燒燬並沒有找到屍體。這是最嚇人的，沒有找到就可能還活著。這隨時都是一個定時炸彈，說不定哪天在哪個地方冒出來再號召天下勤王，朱棣這個皇帝算是放不好了。不管怎麼樣，先宣佈他死了再說，反正也沒多少人見過真皇帝，就算以後冒出來了也說他是假的！

朱棣一邊宣佈朱允炆死掉，一邊暗地裡派人尋找。派了兩個人，一個明裡是鄭和，一個是暗裡叫胡瀛。鄭和大家都知道，下西洋讓大明威服四海！胡瀛這個人瞭解就比較少了，然而從史書的蛛絲馬跡中，真正找到建文帝的應該就是胡瀛。

胡瀛接到這個任務，便全身心投入到了工作當中，沒有對任何人提起自己的身份。大海撈針般尋找建文帝的下落，其中自己家裡的親人去世都沒有回去探望。可見不找到建文帝是絕對不會回去的，朱棣賜他何時進宮都可直接面聖的資格，在一天午夜注意是午夜他就急匆匆的進宮面聖，兩人深夜有所交談，卻沒有記載對話的相關內容，從此朱棣就沒有再去尋找過建文帝的蹤跡。從這點可以肯定的是，胡瀛肯定是找到了建文帝，不然他不會回來的，而且還是半夜去見朱棣，必然是十分重要的事！

有野史記載建文帝出家當了和尚，與胡瀛見面並談過話，內容就是自己願意讓出帝位，不會造反，希望朱棣不要再打擾他的生活，後來歷史也是這樣的，建文沒再出現。所以這個推測是十分正確的，但是真正的歷史我們也無法得知，只能從這種小細節上抽絲剝繭，一睹歷史的真相！

根據毛佩琦教授（明史專家，華人民大學教授，歷史學博士生導師）在百家講壇上的說法，建文帝的下落有幾種說法：

一、自焚說。《明史》關於建文帝的下落是這麼記載的：“谷王及李景隆叛，納燕兵。都城陷，宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出，帝后屍於火中，越八日壬申，葬之。1402年朱棣攻入南京，就是靖難之役成功後，建文帝自焚了。

二、歸來說。明英宗正統五年，公元1440年。一個老和尚大約90歲，從雲南來到廣西，到了思恩府，到了大堂上，說：“我就是建文帝，我就是建文君。”這個知府一聽很害怕，這個知府叫做岑瑛，他說：“建文君從建文4年就失蹤，到現在一直沒找著，突然出現在我的面前，這是真是假？”趕快報告宮裡，就把自稱建文君的和尚送到北京的皇宮裡。結果一審查，原來此人是河南鈞州人，叫做楊應祥，假冒的。結果民間繼續演繹建文帝下落，更是撲朔迷離。

三、出亡說。朱棣攻入南京，建文帝並沒有自殺，建文帝正在慌亂之時，一個太監向他彙報說：“太祖死的時候留下一樣東西。這個東西就收藏在奉先殿，他囑咐我們不到危急的時候不能開啟。”周圍的一些大臣都說趕快開啟，把東西拿出來，什麼呢？一個鐵匣子。鐵匣子的油漆是紅顏色，兩個鎖也都灌上鐵，馬上砸開，一磺開裡頭有度牒三張。什麼是度牒？就是宗教職業者的身份證。有這個度牒，就證明是和尚。寫上名字，從事宗教職業。度牒有三張，“應文、應能、應賢”，寫了三個人的名字，裡頭有袈裟，有剃刀，還有白金十錠。裡頭有一句話：“你們要是不想跑，你們就自殺。要不然的話，你們就拿著度牒跑。”

於是建文帝剃髮為僧，和另外兩個人在皇宮的北門跑了。（文昌宮建文帝雕像）

四、穹隆山為僧說。根據《明史·姚廣孝傳》記載，姚廣孝到永樂十六的時候，已經84歲了。姚廣孝是當年幫助朱棣奪取天下的和尚。他在見朱棣的時候說：“我有一件心事，你要幫助我。”“有什麼心事？”朱棣問。姚廣孝說：“當年都懷疑建文帝逃跑是宗泐和尚幫的忙，這個宗泐和尚被關起來一直關到現在，希望你把他放了。”那麼，這件事確實嗎？是不是宗泐幫忙，然後建文帝最後藏到江蘇吳縣，就是現在蘇州市的穹隆山呢。據說穹隆山上有佛塔，是建文皇帝的墓。明史裡面沒有肯定。（明成祖朱棣圖）

五、胡瀠尋找說。胡瀠是戶科給事中。這個給事中是專門提意見，監督百官的，可以向皇帝反映民間官員的任何事。據說建文帝下落不明，明成祖朱棣心裡放不下，就派胡瀠巡行天下，找建文帝的下落。自朱棣即位開始就尋找了，永樂二十一年朱棣北征，回到現在河北省的宣化。有一天晚上，天都黑了，報告說胡瀠來了，朱棣說，趕快請他進來。他們兩個就徹夜長談，到四更時分，早上天都快亮了，胡瀠才離開。胡瀠向朱棣報告的什麼呢？後人說找到了建文帝等等，但是不是真的找到，沒有依據證明。

六、鄭和下西洋尋找說。鄭和下西洋是一個壯舉，據民間傳說，建文帝逃到了海外，並建立了國家，下西洋的同時順便打聽一下建文帝的下落。到非洲去找建文帝是不是有點搞笑啊，這不可信。

毛佩琦是明史專家，他說的代表了以前的大部分研究成果。說了這麼多，建文帝下落仍是一個謎。

一般現在沒有有關建文帝下落迷案的最新研究成果，如果像曹操墓和曹植墓那樣都發現併發掘了，透過DNA檢測，考證了他們真實的父子關係的話最好了。

如果有關建文帝墓葬確實存在，並有遺骨保留的話，可以對照明皇室墓葬遺骨以及現在的後人進行基因圖譜對比的話，才能真實確定。