(一)層析柱層析柱是凝膠層析技術中的主體，一般用玻璃管或有機玻璃管。層析柱的直徑大小不影響分離度，樣品用量大，可加大柱的直徑，一般製備用凝膠柱，直徑大於2釐米，但在加樣時應將樣品均勻分佈於凝膠柱床面上。此外，直徑加大，洗脫液體體積增大，樣品稀釋度大。分離度取決於柱高，為分離不同組分，凝膠柱床必須有適宜的高度，分離度與柱高的平方根相關，但由於軟凝膠柱過高擠壓變形阻塞，一般不超過1米。分族分離時用短柱，一般凝膠柱長20-30釐米，柱高與直徑的比較5：1─10：1，凝膠床體積為樣品溶液體積的4-10倍。分級分離時柱高與直徑之線為20：1─100：1，常用凝膠柱有50×25釐米，10×25釐米。層析柱濾板下的死體積應儘可能的小，如果支掌濾板下的死體積大，被分離組分之間重新混合的可能性就大，其結果是影響洗脫峰形，出現拖尾出象，降低分辯力。在精確分離時，死體積不能超過總床體積的1/1000。
(二)凝膠的選擇根據所需凝膠體積，估計所需幹膠的量。一般葡聚糖凝膠吸水後的凝膠體積約為其吸水量的2倍，例如SephadexG-20的吸水量為20，1克SephadexG─200吸水後形成的凝膠體積約40ml。凝膠的粒度也可影響層析分離效果。粒度細胞分離效果好，但阻力大，流速慢。一般實驗室分離蛋白質採用100-200號篩目的的SephadexG-200效果好，脫鹽用SephadexG-25、G-50，用粗粒，短柱，流速快。
(三)凝膠的製備商品凝膠是乾燥的顆粒使用前需直接在欲使用的洗脫液中膨脹。為了加速膨脹，可用加熱法，即在沸水浴中將溼凝膠逐漸升溫至近沸，這樣可大大中速膨脹，通常在1-2小時內即可完成。特別是在使用軟膠時，自然膨脹需24小時至數天，而用加熱法在幾小時內就可完成。這種方法不但節約時間，而且還可消毒，除去凝膠中汙染的細菌和排除膠內的空氣。
(四)樣品溶液的處理樣品溶液如有沉澱應過濾或離心除去，如含脂類可高速離心或透過SephadexG-15短柱除去。樣品的粘度不可大，含蛋白為超過4%，粘度高影響分離效果。上柱樣品液的體積根據凝膠床體積的分離要求確定。分離蛋白質樣品的體積為凝膠床的1-4%(一般約0.5-2ml)，進行分族分離時樣品液可為凝膠床的10%，在蛋白質溶液除鹽時，樣品可達凝膠床的20-30%。分級分離樣品體積要小，使樣品層儘可能窄，洗脫出的峰形較好。
(五)防止微生物的汙染交聯葡聚糖和瓊脂糖都是多糖類物質，防止微生物的生長，在凝膠層析中十分重要，常用的抑菌劑有：
⑴疊氨鈉(NaN3)在凝膠層析中只要用0.02%疊氮鈉已足夠防止微生物的生長，疊氮鈉易溶一水，在20℃時約為40%；它不與蛋白質或碳水化合物相互作用，因此疊氮鈉不影響抗體活力；不會改變蛋白質和碳水化合物的層析我特性。疊氮鈉可干擾熒游標記蛋白質。
⑵可樂酮[Cl3C-C(OH)(CH3)2]在凝膠層析中使用濃度為0.01-0.02%。在微酸性溶液中它的殺菌效果最佳，在強鹼性溶液中或溫度高於60℃時易引起分解而失效。
⑶乙基汞代巰基水楊酸鈉在凝膠層析中作為抑菌劑使用濃度為0.05-0.01%。在微酸性溶液中最為有效。重金屬離子可使乙基代巰基的物質結合，因而包含疏基的蛋白質可在不同程度上降低它的抑菌效果。
⑷苯基汞代鹽在凝膠層析中使用濃度為0.001-0.01%。在微鹼性溶液中抑效果最佳，長時間放置時可與鹵素、硝酸根離子作用而產生沉澱；還原劑可引起此化合物分解；含疏基的物質亦可降低或抑制它的抑菌作用。
(一)層析柱層析柱是凝膠層析技術中的主體，一般用玻璃管或有機玻璃管。層析柱的直徑大小不影響分離度，樣品用量大，可加大柱的直徑，一般製備用凝膠柱，直徑大於2釐米，但在加樣時應將樣品均勻分佈於凝膠柱床面上。此外，直徑加大，洗脫液體體積增大，樣品稀釋度大。分離度取決於柱高，為分離不同組分，凝膠柱床必須有適宜的高度，分離度與柱高的平方根相關，但由於軟凝膠柱過高擠壓變形阻塞，一般不超過1米。分族分離時用短柱，一般凝膠柱長20-30釐米，柱高與直徑的比較5：1─10：1，凝膠床體積為樣品溶液體積的4-10倍。分級分離時柱高與直徑之線為20：1─100：1，常用凝膠柱有50×25釐米，10×25釐米。層析柱濾板下的死體積應儘可能的小，如果支掌濾板下的死體積大，被分離組分之間重新混合的可能性就大，其結果是影響洗脫峰形，出現拖尾出象，降低分辯力。在精確分離時，死體積不能超過總床體積的1/1000。
(二)凝膠的選擇根據所需凝膠體積，估計所需幹膠的量。一般葡聚糖凝膠吸水後的凝膠體積約為其吸水量的2倍，例如SephadexG-20的吸水量為20，1克SephadexG─200吸水後形成的凝膠體積約40ml。凝膠的粒度也可影響層析分離效果。粒度細胞分離效果好，但阻力大，流速慢。一般實驗室分離蛋白質採用100-200號篩目的的SephadexG-200效果好，脫鹽用SephadexG-25、G-50，用粗粒，短柱，流速快。
(三)凝膠的製備商品凝膠是乾燥的顆粒使用前需直接在欲使用的洗脫液中膨脹。為了加速膨脹，可用加熱法，即在沸水浴中將溼凝膠逐漸升溫至近沸，這樣可大大中速膨脹，通常在1-2小時內即可完成。特別是在使用軟膠時，自然膨脹需24小時至數天，而用加熱法在幾小時內就可完成。這種方法不但節約時間，而且還可消毒，除去凝膠中汙染的細菌和排除膠內的空氣。
(四)樣品溶液的處理樣品溶液如有沉澱應過濾或離心除去，如含脂類可高速離心或透過SephadexG-15短柱除去。樣品的粘度不可大，含蛋白為超過4%，粘度高影響分離效果。上柱樣品液的體積根據凝膠床體積的分離要求確定。分離蛋白質樣品的體積為凝膠床的1-4%(一般約0.5-2ml)，進行分族分離時樣品液可為凝膠床的10%，在蛋白質溶液除鹽時，樣品可達凝膠床的20-30%。分級分離樣品體積要小，使樣品層儘可能窄，洗脫出的峰形較好。
(五)防止微生物的汙染交聯葡聚糖和瓊脂糖都是多糖類物質，防止微生物的生長，在凝膠層析中十分重要，常用的抑菌劑有：
⑴疊氨鈉(NaN3)在凝膠層析中只要用0.02%疊氮鈉已足夠防止微生物的生長，疊氮鈉易溶一水，在20℃時約為40%；它不與蛋白質或碳水化合物相互作用，因此疊氮鈉不影響抗體活力；不會改變蛋白質和碳水化合物的層析我特性。疊氮鈉可干擾熒游標記蛋白質。
⑵可樂酮[Cl3C-C(OH)(CH3)2]在凝膠層析中使用濃度為0.01-0.02%。在微酸性溶液中它的殺菌效果最佳，在強鹼性溶液中或溫度高於60℃時易引起分解而失效。
⑶乙基汞代巰基水楊酸鈉在凝膠層析中作為抑菌劑使用濃度為0.05-0.01%。在微酸性溶液中最為有效。重金屬離子可使乙基代巰基的物質結合，因而包含疏基的蛋白質可在不同程度上降低它的抑菌效果。
⑷苯基汞代鹽在凝膠層析中使用濃度為0.001-0.01%。在微鹼性溶液中抑效果最佳，長時間放置時可與鹵素、硝酸根離子作用而產生沉澱；還原劑可引起此化合物分解；含疏基的物質亦可降低或抑制它的抑菌作用。