棉籽餅是畜牧生產中常用來飼餵家畜的蛋白質飼料。但是，由於棉籽中含有對動物有害的棉酚及環丙烯脂肪酸，尤其是棉酚的危害很大。單胃動物過量攝取或攝取時間較長，可導致生長遲緩、繁殖效能及生產效能下降，甚至導致死亡。

雖然瘤胃微生物可以降解棉酚，使其毒性降低，但也應控制日糧中棉籽餅粕的比例。在母牛幹奶期和種公牛日糧中，不要使用棉籽餅粕，犢牛日糧中可少量新增，成年母牛日糧中，棉籽餅粕的新增量一般不超過精料的20%，在架子牛育肥日糧中，棉籽餅粕可佔精料的60%。對於去除棉籽餅棉酚毒素，可採用以下方法。

一是取草木灰或生石灰適量加入100千克清水中攪拌均勻，沉澱後取上清夜浸泡棉籽餅，餅液比例為2：1，浸泡24小時後再用清水濾液3～4遍，即可。二是在每百公斤土榨棉籽餅中加硫酸亞鐵1.2～1.5千克，機榨粕只需加0.15～0.2千克，再以適量清水浸泡4～6小時即可。三是用2%的碳酸氫銨或1%的尿素溶液均勻噴灑在棉籽餅粉上充分拌勻，當餅粉中含水量達15%時為宜，然後用塑膠薄膜密封悶24小時，即可飼用。四是用15%的純鹼溶液24千克噴灑在100千克棉籽餅粕上，充分拌勻用塑膠薄膜密封悶5小時，然後蒸50分鐘晾乾。也可用濃度為1%的氫氧化鈉溶液浸泡3～4小時後瀝去溶液，用清水沖洗乾淨，晾乾。110℃的高溫下蒸煮3～5分鐘。