極光號(Aurora)遭受的同樣的命運，被擊毀。(實際上極光號有一個秘密的任務，就是搜尋十年前失聯的德加西號)主角幸運地搶到了第五號逃生艙，然後開始了求生之旅。

在遊戲中會接收到大量來自其他逃生艙的無線電訊號，不過大部分都沒能倖存下來。留在船上的船長在掃描到了附近的陸地，並且命令19號逃生艙裡的副官金(Keen)設法讓倖存者在島上集合，因此玩家接到了金的無線電。隨後在爆炸中船長身亡。而到島上會合的只有兩個人，金和於(Yu)。於試圖去主動去尋找更多幸存者，而金在阻止未果後，和她一同出發去尋找，兩個小時後他透過緊急通訊更新了留在島上的PDA的留言，表明他和於已迷失於茫茫大海，無法倖存，並透露救援資料在最後時刻被髮到極光號上了，要倖存的人前去尋找。

隨後主角接到了另外一艘飛船，Sunny號前來救援的資訊，然而等待他的，卻是目睹了Sunny號被外星人大炮(免疫執行平臺)擊毀。隨後主角去探索了這個設施，在試圖關閉的時候發現只有沒有被感染的人才能關閉設施，而自己也被感染了。此時，海皇利維坦透過感應知道了主角的存在，並問：“你是誰?”。為了解除病毒，透過設施裡的資料，主角找到了失落之河裡被毀的疾病研究中心，得知治癒的希望——海皇利維坦被關押在深處的監獄。

隨後主角前往熔岩區，在熱力發電站拿到了藍色鑰匙後，海皇利維坦召喚主角前往深處的海皇監獄，在主角答應併成功製作出孵化酶，令五隻海皇寶寶成功孵化而得以延續自己的種族，海皇利維坦同主角道謝，並坦然接受了自己的死亡，主角也利用海皇寶寶身上的活性酶解除了自己身上的病毒。在同一時刻，主角接收到了救援隊的無線電，他們已將火箭的藍圖發射到了極光號船長室裡，並給了船長室的密碼，讓各位倖存者自行逃脫星球。

最後主角透過船長室的火箭藍圖，成功製造出了火箭將自己送了出去。