墜機或失蹤共六次，其中死亡空難共四次

1977年12月4日，一架波音737-200（註冊編號9M-MBD）執行馬來西亞航空653號班機時，在馬來西亞柔佛州遭劫持，墜毀於丹絨古邦，機上100人全數遇難。

1983年12月18日，一架空中巴士A300（註冊編號OY-KAA，租自北歐航空）執行新加坡飛往吉隆坡的馬來西亞航空684號班機，在降落吉隆坡梳邦機場時因惡劣天氣關係墜毀，所幸機長即刻反應和機場工人人員的協助下，無人遇難。

1995年9月15日，一架福克50（註冊編號9M-MGH）執行馬來西亞航空2133號班機，在鬥湖降落時因機長判斷錯誤墜毀，34人不幸遇難

2005年8月1日，一架波音B777-200ER從珀斯出發前往吉隆坡，期間飛行顯示儀器發生衝突，顯示飛機速度過低，之後飛機超速並出現失速，機長立即解除自動駕駛並緊急降落在珀斯，事件中無人受傷。

2014年3月8日，馬來西亞航空370號班機（程式碼共享中國南方航空CZ748號班機），共有239人於凌晨0:43離開吉隆坡國際機場M號航站樓，原計劃於6:30抵達北京首都國際機場，但兩小時後在雷達中消。

2014年7月17日下午，編號為9M-MRD的波音777-200ER在執行阿姆斯特丹飛往吉隆坡的馬來西亞航空17號班機時位於烏克蘭頓涅茨克和盧甘斯克之間的色赫傑爾斯克鎮上空(靠近俄羅斯邊界10,058米高空)遭9K37 「山毛櫸」地對空飛彈擊落墜毀，機上283名乘客和15名機組成員悉數罹難。