569集開始，至581集結束。
569 隱藏內心的面具
劇情簡介：在戰後的木葉村中，已經從第三代火影的位子上引退的日斬以及團藏之間關於次任火影候補人選的意見發生了分歧。團藏為了掌握權力而推薦大蛇丸，但在日斬的強烈希望下，就任第四代火影的是身為卡卡西老師的波風水門。當時的卡卡西由於在神無毗橋之戰中失去了帶土，並且在那之後親手殺了琳，而陷入失意的谷底中。每天都持續陷入惡夢之中，導致無法在任務中集中精神，卡卡西的心靈正逐漸變得虛弱…
570 水門之死
劇情簡介：因水門的命令，卡卡西加入了火影直屬的精銳部隊“暗部”，在其中發揮自身實力，很快便成為了讓暗部的同伴們心服口服的存在。但，卡卡西那毫不留情追殺敵人並刺穿敵人咽喉的姿態也使他開始被人稱為“冷血卡卡西”，水門也對心中染上黑暗的卡卡西感到擔心。此時，水門的妻子·玖辛奈懷孕了，得知此事並沉浸在喜悅之中的水門交給卡卡西一個特別的任務。然而，村子被暗中活躍的面具男操縱九尾襲擊的那個夜晚也逐漸逼近…
571 柱間細胞
劇情簡介：加入了暗部養成組織“根”的卡卡西，目擊到了能夠使用只有初代火影·柱間才會使用的木遁忍術的少年。為了查明真相，卡卡西侵入第三代火影·日斬的書房，在那裡發現了有關“柱間細胞”的資料，並且知道了現在還有人繼續著這種研究、以及村內多次發生兒童誘拐事件這些事實。而就在此時，“根”似乎將要實行日斬暗殺計劃。身為“根”一員的卡卡西到底是否會執行這個任務呢？
572 叛逃忍~大蛇丸
劇情簡介：持續進行禁術研究的大蛇丸，其根據地被第三代火影·日斬踏入而陷入窮途末路。但日斬沒有對昔日的學生大蛇丸下手，因而導致大蛇丸逃跑了。包括卡卡西在內的暗部則是被下達了追捕大蛇丸的任務。曾經暗中和大蛇丸共同研究禁術的團藏害怕事實被揭穿，於是讓“根”的一名忍者前去幫助大蛇丸，而這名忍者正是卡卡西以前曾目擊到的使用木遁忍術的少年……
573 ~574大蛇丸的實驗體 各自的道路
劇情簡介：伊布里一族擁有可以使身體變為煙的肉體變化能力，壽命短到受到風吹就會死亡的程度，不過他們接受了盯上這能力的大蛇丸的實驗而延長了生命。在村落中與大和相遇的雪見，不知為何稱呼大和為“天藏”；
大和則由於在雪見的身上找到了自己身為實驗體時與自己同在一起的少女的影子，而和她的關係變得親密，兩人逃向了吹著風的外面的世界。另一方面，為追捕大蛇丸而來的卡卡西開始追趕放棄了任務的大和。大和為何會被稱作天藏？而卡卡西又能否阻止大蛇丸叛逃出村？
575 被盯上的寫輪眼
劇情簡介：時隔數年再次相逢，卡卡西將他視作同伴而感到安心，但在卡卡西的背後，天藏（少年大和）舉起了閃閃發亮的苦無——。身為“根”忍者的天藏自團藏那裡受領了“把寫輪眼拿到手”的任務，但團藏的目標卻是卡卡西的寫輪眼。天藏在初次與卡卡西相遇時曾與他合作並建立起情誼，因而為此躊躇不決，但當他得知卡卡西被人稱作“殘殺同伴的卡卡西”時，天藏終於下定決心執行任務…
576 木葉的忍者
劇情簡介：卡卡西知道了天藏打算取自己的性命，因而大為震驚。就在此時，大蛇丸的研究素材大蛇突然襲擊了卡卡西和天藏。兩人即將被大蛇吞掉而喪命之時，救了天藏的竟然是本該與他為敵的卡卡西。天藏也由此知道，“殘殺同伴的卡卡西”其實比誰都重視同伴的性命。但是，隸屬於規章嚴格的“根”的天藏由於犯了放棄任務的罪，其性命也被團藏盯上了——。
577 暗部的宇智波
劇情簡介：擁有“黑暗”之人便具有暗部的素質。卡卡西從鼬的身上感受到了這股“黑暗”，但鼬所揹負的“黑暗”究竟是——。暗部最年少的宇智波鼬，作為補充要員加入了已經成為暗部隊長的卡卡西的部隊。鼬的父親·宇智波富嶽由於可以藉此獲取村子中樞的情報而暗喜，但另一方面，團藏為了獲取宇智波一族的情報，而逼迫鼬背叛一族成為雙重間諜……
578 政變
劇情簡介：為了取回宇智波一族的信賴，鼬的好友·宇智波止水開始了單獨行動——過去在木葉發生的九尾襲擊事件，由於九尾是遭受寫輪眼的瞳術操縱，宇智波一族因而被懷疑是引發事件的元兇。從那以來，宇智波一族所居住的區域24小時都在暗部的監視之下，使一族從木葉中孤立，而由於各懷疑心，村子和一族的關係變得越來越惡化……
579 慘劇之夜
劇情簡介：那個使宇智波一族被稱為“悲劇的一族”的慘劇之夜，正在臨近——就在宇智波一族發動政變的時機即將到來之際，卡卡西拜訪了宇智波一族居住的區域。卡卡西感覺到了和以前來訪時有所不同的一種閉鎖性的、禁止一族以外人士靠近的異樣氣氛。而在那裡，可以不受懷疑來往於村子和一族之間的鼬，在暗中進行情報調查的期間掌握了宇智波一族企圖發動政變的決定性證據……
580 擔當上忍
劇情簡介：被日斬命令離開暗部去擔任下忍的老師的卡卡西，回想起了當年與帶土和琳在水門之處進行的爭奪鈴鐺的演習——當時的卡卡西無視為了貫徹團隊合作而進行的演習，一心只想著完成任務。也許是為了不再讓如同自己一般的忍者出現，卡卡西以老師的身份嚴格地對待孩子們而導致沒有一人合格，他那冰冷的目光尚未從暗部時的“黑暗”中解脫出來……
581 第七班
劇情簡介：心中揹負著黑暗的卡卡西，受日斬的命令而擔任指導的下忍是鳴人、佐助、小櫻三人——。身為第四代火影·水門的兒子，笨拙的吊車尾鳴人。與帶土同屬宇智波一族，也是一族的唯一倖存者佐助。以及，聰明的女忍者，同時也是普通少女的小櫻。卡卡西面對這些與過去的水門班極為相似的成員而感到困惑，心想著“自己沒有成為下忍的老師的資格”，開始了與鳴人他們的“爭奪鈴鐺”演習…
569集開始，至581集結束。
569 隱藏內心的面具
劇情簡介：在戰後的木葉村中，已經從第三代火影的位子上引退的日斬以及團藏之間關於次任火影候補人選的意見發生了分歧。團藏為了掌握權力而推薦大蛇丸，但在日斬的強烈希望下，就任第四代火影的是身為卡卡西老師的波風水門。當時的卡卡西由於在神無毗橋之戰中失去了帶土，並且在那之後親手殺了琳，而陷入失意的谷底中。每天都持續陷入惡夢之中，導致無法在任務中集中精神，卡卡西的心靈正逐漸變得虛弱…
570 水門之死
劇情簡介：因水門的命令，卡卡西加入了火影直屬的精銳部隊“暗部”，在其中發揮自身實力，很快便成為了讓暗部的同伴們心服口服的存在。但，卡卡西那毫不留情追殺敵人並刺穿敵人咽喉的姿態也使他開始被人稱為“冷血卡卡西”，水門也對心中染上黑暗的卡卡西感到擔心。此時，水門的妻子·玖辛奈懷孕了，得知此事並沉浸在喜悅之中的水門交給卡卡西一個特別的任務。然而，村子被暗中活躍的面具男操縱九尾襲擊的那個夜晚也逐漸逼近…
571 柱間細胞
劇情簡介：加入了暗部養成組織“根”的卡卡西，目擊到了能夠使用只有初代火影·柱間才會使用的木遁忍術的少年。為了查明真相，卡卡西侵入第三代火影·日斬的書房，在那裡發現了有關“柱間細胞”的資料，並且知道了現在還有人繼續著這種研究、以及村內多次發生兒童誘拐事件這些事實。而就在此時，“根”似乎將要實行日斬暗殺計劃。身為“根”一員的卡卡西到底是否會執行這個任務呢？
572 叛逃忍~大蛇丸
劇情簡介：持續進行禁術研究的大蛇丸，其根據地被第三代火影·日斬踏入而陷入窮途末路。但日斬沒有對昔日的學生大蛇丸下手，因而導致大蛇丸逃跑了。包括卡卡西在內的暗部則是被下達了追捕大蛇丸的任務。曾經暗中和大蛇丸共同研究禁術的團藏害怕事實被揭穿，於是讓“根”的一名忍者前去幫助大蛇丸，而這名忍者正是卡卡西以前曾目擊到的使用木遁忍術的少年……
573 ~574大蛇丸的實驗體 各自的道路
劇情簡介：伊布里一族擁有可以使身體變為煙的肉體變化能力，壽命短到受到風吹就會死亡的程度，不過他們接受了盯上這能力的大蛇丸的實驗而延長了生命。在村落中與大和相遇的雪見，不知為何稱呼大和為“天藏”；
大和則由於在雪見的身上找到了自己身為實驗體時與自己同在一起的少女的影子，而和她的關係變得親密，兩人逃向了吹著風的外面的世界。另一方面，為追捕大蛇丸而來的卡卡西開始追趕放棄了任務的大和。大和為何會被稱作天藏？而卡卡西又能否阻止大蛇丸叛逃出村？
575 被盯上的寫輪眼
劇情簡介：時隔數年再次相逢，卡卡西將他視作同伴而感到安心，但在卡卡西的背後，天藏（少年大和）舉起了閃閃發亮的苦無——。身為“根”忍者的天藏自團藏那裡受領了“把寫輪眼拿到手”的任務，但團藏的目標卻是卡卡西的寫輪眼。天藏在初次與卡卡西相遇時曾與他合作並建立起情誼，因而為此躊躇不決，但當他得知卡卡西被人稱作“殘殺同伴的卡卡西”時，天藏終於下定決心執行任務…
576 木葉的忍者
劇情簡介：卡卡西知道了天藏打算取自己的性命，因而大為震驚。就在此時，大蛇丸的研究素材大蛇突然襲擊了卡卡西和天藏。兩人即將被大蛇吞掉而喪命之時，救了天藏的竟然是本該與他為敵的卡卡西。天藏也由此知道，“殘殺同伴的卡卡西”其實比誰都重視同伴的性命。但是，隸屬於規章嚴格的“根”的天藏由於犯了放棄任務的罪，其性命也被團藏盯上了——。
577 暗部的宇智波
劇情簡介：擁有“黑暗”之人便具有暗部的素質。卡卡西從鼬的身上感受到了這股“黑暗”，但鼬所揹負的“黑暗”究竟是——。暗部最年少的宇智波鼬，作為補充要員加入了已經成為暗部隊長的卡卡西的部隊。鼬的父親·宇智波富嶽由於可以藉此獲取村子中樞的情報而暗喜，但另一方面，團藏為了獲取宇智波一族的情報，而逼迫鼬背叛一族成為雙重間諜……
578 政變
劇情簡介：為了取回宇智波一族的信賴，鼬的好友·宇智波止水開始了單獨行動——過去在木葉發生的九尾襲擊事件，由於九尾是遭受寫輪眼的瞳術操縱，宇智波一族因而被懷疑是引發事件的元兇。從那以來，宇智波一族所居住的區域24小時都在暗部的監視之下，使一族從木葉中孤立，而由於各懷疑心，村子和一族的關係變得越來越惡化……
579 慘劇之夜
劇情簡介：那個使宇智波一族被稱為“悲劇的一族”的慘劇之夜，正在臨近——就在宇智波一族發動政變的時機即將到來之際，卡卡西拜訪了宇智波一族居住的區域。卡卡西感覺到了和以前來訪時有所不同的一種閉鎖性的、禁止一族以外人士靠近的異樣氣氛。而在那裡，可以不受懷疑來往於村子和一族之間的鼬，在暗中進行情報調查的期間掌握了宇智波一族企圖發動政變的決定性證據……
580 擔當上忍
劇情簡介：被日斬命令離開暗部去擔任下忍的老師的卡卡西，回想起了當年與帶土和琳在水門之處進行的爭奪鈴鐺的演習——當時的卡卡西無視為了貫徹團隊合作而進行的演習，一心只想著完成任務。也許是為了不再讓如同自己一般的忍者出現，卡卡西以老師的身份嚴格地對待孩子們而導致沒有一人合格，他那冰冷的目光尚未從暗部時的“黑暗”中解脫出來……
581 第七班
劇情簡介：心中揹負著黑暗的卡卡西，受日斬的命令而擔任指導的下忍是鳴人、佐助、小櫻三人——。身為第四代火影·水門的兒子，笨拙的吊車尾鳴人。與帶土同屬宇智波一族，也是一族的唯一倖存者佐助。以及，聰明的女忍者，同時也是普通少女的小櫻。卡卡西面對這些與過去的水門班極為相似的成員而感到困惑，心想著“自己沒有成為下忍的老師的資格”，開始了與鳴人他們的“爭奪鈴鐺”演習…