相對而言，腸鏡因為檢查的時間較胃鏡的時間延長，因此腸鏡的痛苦更多。

胃鏡檢查主要是針對胃部疾病，如胃炎，胃糜爛，胃潰瘍，胃息肉以及胃部腫瘤所進行的特殊檢查。

腸鏡是針對腸道系統疾病，如結腸炎，結腸息肉，結腸腺瘤或者是結腸腫瘤而進行的一種特殊的檢查。

胃鏡和腸鏡在檢查過程中都有相應的不適症狀。胃鏡主要表現為嘔吐，腹脹等症狀。腸鏡主要表現為腹部的疼痛，腹部的賬以及痛等不適。

平時在檢查過程中一般為了減輕胃鏡和腸鏡檢查的痛苦，可以考慮選擇無痛胃鏡或者是無痛腸鏡的檢查。這樣可以在檢查的過程中，減少檢查所帶來的不適，以及減輕檢查時的緊張情緒。

胃鏡就是一開始進去喉管時那一下很噁心。只要讓護士幫你按一下頭，給你點分散注意力。一兩秒就過去了。之後就是胃裡的感覺了。那種感覺雖然不好，但是絕對能忍。就當辣椒吃多了胃有點難受一樣。而且現在胃鏡有內服麻藥，所以不像以前生捅下去那麼痛苦。麻藥服下一分鐘就能麻痺整個喉嚨，這時候口水要吐出來。因為吞嚥已經麻痺了。以後胃鏡透過喉嚨那一下就像用手指摳了下嗓子一樣。再讓後就是胃裡的感覺了。而腸鏡不同。腸子彎彎繞繞，如果不是老手醫師。那麼每捅到腸壁一下就像讓人打一拳肚子一樣。而且還要打氣，簡直不是人能受的。