水產養殖用微生物菌大致可分為乳酸菌、芽孢桿菌（枯草芽孢和地衣芽孢）、光和細菌、酵母菌、硝化細菌、蛭弧菌和EM菌。每種菌的適用情和作用都是有區別的。

乳酸菌用於分解大分子有機物和改善腸道，芽孢用於調水量大清水量小了可以肥水，最好使用前用紅糖擴培一下使用。光和細菌只能利用小分子的有機物如氨氮、硫化氫等，硝化菌是出氨氮必不可少的細菌生長週期比較緩慢，EM為複合菌主要用於調節水質穩定水質。

　　一些養魚戶用豬糞養魚時,常將新鮮豬糞直接餵魚,其實這樣做是不對的,未經過處理的豬糞一方面帶有大量的病菌和寄生蟲，另外一方面，豬糞投入池塘會二次發酵，分解的過程中，會消耗大量氧氣，容易造成翻糖，事實證明,將豬糞用農富康糞便發酵劑發酵後直接餵魚效果好。

豬糞發酵方法：

　　將豬糞(佔50%左右)與一定比例的玉米粉、豆餅、菜籽餅和麩皮混合攪拌後，加入一定量的豬糞發酵劑（可以提前將農富康糞便發酵劑加入適量水中稀釋，更利於其攪拌均勻）。把水分調至60%左右，）。其簡單判斷辦法為 ：即用手緊抓物料一把能成團，鬆手落地能散開為宜，水分過高過低均不利。然後裝入塑膠袋或能密封的池子（缸或者做個小發酵池），如果在菌糠上澆施稀薄的人畜糞便，效果更佳。其上覆蓋塑膠薄膜，密封發酵3-7天（冬天時間稍微長一些），當豬糞呈黃綠色無臭味而略帶酒酸味時（發酵時間過長酒味過濃），發酵基本完成，即可飼餵。或加工製成顆粒飼料餵養。

注意事項：

　　1、豬糞必須經過發酵以後才能投餵，因為沒有發酵的豬糞裡面含有大量的雜菌，直接投餵容易引起魚病，而且未經發酵的木質素、纖維素含量過大過多易造成魚採食後食而不化，在排入水體，造成二次汙染和爭養翻塘死魚死蝦等嚴重後果。

　　2、發酵好的粗飼料一次性投餵不宜過多，必須遵循少量多次的投餵原則。

　　3、新發酵好的粗飼料，應放置1～2天，以釋放掉對魚類生長有害的氣體。

　　4、用發酵好的糞便粗飼料作飼料餵養的魚塘，建議水位不宜過深，應控制在1～1.5m，過深不利於魚類對發酵飼料的採食。

　　5、發酵好的粗飼料如起培肥水質的作用，魚塘宜放濾食性魚類，以白、花鰱為主，可佔投放量的70%左右。適當搭配一些羅非魚、鯉鯽魚等雜食性魚類，可充分利用物料資源，更生態環保。

　　6、若將發酵好的粗飼料製成顆粒飼料投餵，宜放養吃食性魚類，以草、鯿魚為主，佔投入量50%左右，再搭配其它的魚類。