先進行一次遊戲後存一次檔（就是掌機存檔，遊戲中開啟選單儲存）關閉模擬器後此時nds模擬器會生成一個存檔，在模擬器資料夾中可以找到。然後將新存檔覆蓋原來的。記住存檔名必須和遊戲名稱一樣，只是字尾不同。如"口袋妖怪珍珠.nds,對應存檔為口袋妖怪珍珠.sav
再次開啟模擬器遊戲時就會讀取新的存檔了。
還有 模擬器需要進行存檔型別設定才能進行遊戲，初次執行珍珠鑽石後對模擬器進行設定。options，Emulation setup，左下腳設定存檔型別為Flash 512K，然後OK。然後再選擇options中的save儲存設定。然後重新載入遊戲
或在遊戲畫面上點滑鼠右鍵選擇“Sava State”，輸入存檔檔名即可。想讀檔選擇“Load State”，輸入存檔檔名即可。想讀檔選擇“Load State”。不過這項功能的完成度實在不敢恭維，大部分遊戲讀檔後有90‰的機率出現問題，不過用了畢竟也不會有什麼損失，打BOSS的時候可以試試。另外這裡選擇“Load Game”還可以方便地更換遊戲。
iDeaS模擬器：在遊戲執行中點選選單“檔案”→“遊戲存檔”→“儲存到磁碟”或直接按鍵盤F10，就能儲存即時存檔，再次按下F10還將繼續建立新的即時存檔，最多可以儲存15個即時存檔，多於15個就會自動將最舊的存檔刪去。如果想要讀取即時存檔，就點選選單“檔案”→“遊戲存檔”，在倒數第二項“載入存檔”中可以選擇想要讀取的存檔檔案，直接按下鍵盤上Shift+F7的組合鍵就能讀取最近的一次即時存檔。選擇“檔案”→“遊戲存檔”下的“重置”還能將所有即時存檔清空。即時存檔檔案的儲存方式與存檔檔案相同，它採用.sgs格式，以ROM名稱命名，儲存在與遊戲ROM相同的資料夾下。
先進行一次遊戲後存一次檔（就是掌機存檔，遊戲中開啟選單儲存）關閉模擬器後此時nds模擬器會生成一個存檔，在模擬器資料夾中可以找到。然後將新存檔覆蓋原來的。記住存檔名必須和遊戲名稱一樣，只是字尾不同。如"口袋妖怪珍珠.nds,對應存檔為口袋妖怪珍珠.sav
再次開啟模擬器遊戲時就會讀取新的存檔了。
還有 模擬器需要進行存檔型別設定才能進行遊戲，初次執行珍珠鑽石後對模擬器進行設定。options，Emulation setup，左下腳設定存檔型別為Flash 512K，然後OK。然後再選擇options中的save儲存設定。然後重新載入遊戲
或在遊戲畫面上點滑鼠右鍵選擇“Sava State”，輸入存檔檔名即可。想讀檔選擇“Load State”，輸入存檔檔名即可。想讀檔選擇“Load State”。不過這項功能的完成度實在不敢恭維，大部分遊戲讀檔後有90‰的機率出現問題，不過用了畢竟也不會有什麼損失，打BOSS的時候可以試試。另外這裡選擇“Load Game”還可以方便地更換遊戲。
iDeaS模擬器：在遊戲執行中點選選單“檔案”→“遊戲存檔”→“儲存到磁碟”或直接按鍵盤F10，就能儲存即時存檔，再次按下F10還將繼續建立新的即時存檔，最多可以儲存15個即時存檔，多於15個就會自動將最舊的存檔刪去。如果想要讀取即時存檔，就點選選單“檔案”→“遊戲存檔”，在倒數第二項“載入存檔”中可以選擇想要讀取的存檔檔案，直接按下鍵盤上Shift+F7的組合鍵就能讀取最近的一次即時存檔。選擇“檔案”→“遊戲存檔”下的“重置”還能將所有即時存檔清空。即時存檔檔案的儲存方式與存檔檔案相同，它採用.sgs格式，以ROM名稱命名，儲存在與遊戲ROM相同的資料夾下。