主要區別：

區別一，是否屬於國家體制內。備案制就是合同制，體制外的，不是正式的。編內是體制內的，正式的。

區別二，單位和員工互相選擇的許可權。備案制，單位和員工互相選擇的範圍更大些，簽訂的合同到期了，單位與備案制員工可以續簽，也可以不籤，根據具體情況而定，雙方的選擇空間更大。使得員工自由執業的可能性更大。

編制內，單位和員工互相選擇的範圍很小，一般情況下，除非員工辭職或者員工違法犯罪，否則單位不能無故解聘，使得員工自由執業的可能性更小。

區別三，享受的社會保障有差別。備案制，職工按照當地有關的勞動法，可享受五險（即養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險）社會保障，但沒有二金（住房公積金和職業年金）。

編制內，職工享受的工資待遇，按照人社部門規定的標準來計發，可享受二金五險（即養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險和住房公積金、職業年金）的社會保障。

區別四，工作的穩定性。備案制，較穩定。編制內，很穩定。

區別五，享受的工資待遇。備案制，比常說的合同工的待遇提高，作為醫生的待遇比較高，該有的一般都有。編制內，比備案制員工高，醫生待遇相當不錯。

區別七，對於在編職工而言，編制意味你擁有一份非常穩定的工作，除非違法，否則一般都不會被解聘。編制備案制就是將原來合同工的待遇提高，但又不是“鐵飯碗”。