１、光合菌群（好氣性和嫌氣性）。如光合細菌和藍藻類。屬於獨立營養微生物 ，菌體本身含60％以上的蛋白質 ，且富含多種維生素，還含有輔酶Ｑ10、抗病毒物質和促生長因子；它以土壤接受的光和熱為能源，將土壤中的硫氫和碳氫化合物中的氫分離出來，變有害物質為無害物質，並以植物根部的分泌物、土壤中的有機物、有害氣體（硫化氫等）及二氧化碳、氮等為基質，合成糖類、氨基酸類、維生素類、氮素化合物、抗病毒物質和生理活性物質等，是肥沃土壤和促進動植物生長的主要力量。光合菌群的代謝物質可以被植物直接吸收，還可以成為其它微生物繁殖的養分。光合細菌如果增殖，其它的有益微生物也會增殖。例如 ：ＶＡ菌根菌以光合菌分泌的氨基酸為食餌 ，它既能溶解不溶性磷，又能與固氮菌共生，使其固氮能力成倍提高。

２、乳酸菌群（嫌氣性）。以嗜酸乳桿菌為主導。它靠攝取光合細菌、酵母菌產生的糖類形成乳酸。乳酸具有很強的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活動和有機物的急劇腐敗分解。乳酸菌能夠分解在常態下不易分解的木質素和纖維素，並使有機物發酵分解。乳酸菌還能夠抑制連作障礙產生的致病菌增殖。致病菌活躍，有害線蟲會急劇增加，植物就會衰弱，乳酸菌抑制了致病菌，有害線蟲便會逐漸消失。

３、酵母菌群（好氣性）。它利用植物根部產生的分泌物、光合菌合成的氨基酸、糖類及其它有機物質產生髮酵力，合成促進根系生長及細胞分裂的活性化物質。酵母菌在ＥＭ中對於促進其它有效微生物（如乳酸菌、放線菌）增殖所需要的基質（食物）提供重要的給養保障。此外，酵母菌產生的單細胞蛋白是動物不可缺少的養分。

４、革蘭氏陽性放線菌群（好氣性）。它從光合細菌中獲取氨基酸、氮素等作為基質，產生出各種抗生物質、維生素及酶，可以直接抑制病原菌。它提前獲取有害黴菌和細菌增殖所需要的基質，從而抑制它們的增殖，並創造出其它有益微生物增殖的生存環境。放線菌和光合細菌混合後的淨菌作用比放線菌單兵作戰的殺傷力要大得多。它對難分解的物質，如木質素、纖維素、甲殼素等具有降解作用，並容易被動植物吸收，增強動植物對各種病害的抵抗力和免疫力。放線菌也會促進固氮菌和ＶＡ菌根菌增殖。

５、發酵系的絲狀菌群（嫌氣性）。以發酵酒精時使用的麴黴菌屬為主體，它能和其他微生物共存，尤其對土壤中酯的生成有良好效果。因為酒精生成力強，能防止蛆和其他害蟲的發生，並可以消除惡臭。

所謂菌種質量，一般應包括兩個方面：一是菌種的“種性”，即菌種自身的生物學特性，如高產、優質、菇體顏色、耐二氧化碳、抗高溫等。這是菌種的內因與基礎，栽培地的生產條件必須首先要適合它的“種性”。比如，一個菌種（株）在南方某地選育馴化成功，並表現良好，若將其引種至北方地區，就不一定有好的生產表現。如前幾年山東的“花菇熱”，從福建、河南等地引進的“花菇菌種”及技術人員，大多數以失敗而告終。二是菌種的製作質量。一個原本優良的菌種（株），在設施裝置不配套、操作技術不規範等條件下，在逐級轉接擴大生產過程中，或者感染病毒、病菌，或老化、退化，到栽培時，勢必會有產量低、品質差、抗性差、發病率高，甚至不出菇等現象。如自1998年以來，在山東的平菇生產中，連續發生大面積病害，死菇、黃菇現象十分嚴重，這除了與生產環境的惡化有一定關係外，主要原因還是品種退化，抗病力嚴重下降，不注重區域內品種的更新換代，菌種生產過程簡單粗糙，用於生產的菌種不能保證是純菌絲，菇農對菌種質量的認識程度還遠遠不夠且缺乏對菌種質量的識別能力，片面追求菌種的價格。

１、光合菌群（好氣性和嫌氣性）。如光合細菌和藍藻類。屬於獨立營養微生物 ，菌體本身含60％以上的蛋白質 ，且富含多種維生素，還含有輔酶Ｑ10、抗病毒物質和促生長因子；它以土壤接受的光和熱為能源，將土壤中的硫氫和碳氫化合物中的氫分離出來，變有害物質為無害物質，並以植物根部的分泌物、土壤中的有機物、有害氣體（硫化氫等）及二氧化碳、氮等為基質，合成糖類、氨基酸類、維生素類、氮素化合物、抗病毒物質和生理活性物質等，是肥沃土壤和促進動植物生長的主要力量。光合菌群的代謝物質可以被植物直接吸收，還可以成為其它微生物繁殖的養分。光合細菌如果增殖，其它的有益微生物也會增殖。例如 ：ＶＡ菌根菌以光合菌分泌的氨基酸為食餌 ，它既能溶解不溶性磷，又能與固氮菌共生，使其固氮能力成倍提高。

２、乳酸菌群（嫌氣性）。以嗜酸乳桿菌為主導。它靠攝取光合細菌、酵母菌產生的糖類形成乳酸。乳酸具有很強的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活動和有機物的急劇腐敗分解。乳酸菌能夠分解在常態下不易分解的木質素和纖維素，並使有機物發酵分解。乳酸菌還能夠抑制連作障礙產生的致病菌增殖。致病菌活躍，有害線蟲會急劇增加，植物就會衰弱，乳酸菌抑制了致病菌，有害線蟲便會逐漸消失。

３、酵母菌群（好氣性）。它利用植物根部產生的分泌物、光合菌合成的氨基酸、糖類及其它有機物質產生髮酵力，合成促進根系生長及細胞分裂的活性化物質。酵母菌在ＥＭ中對於促進其它有效微生物（如乳酸菌、放線菌）增殖所需要的基質（食物）提供重要的給養保障。此外，酵母菌產生的單細胞蛋白是動物不可缺少的養分。

４、革蘭氏陽性放線菌群（好氣性）。它從光合細菌中獲取氨基酸、氮素等作為基質，產生出各種抗生物質、維生素及酶，可以直接抑制病原菌。它提前獲取有害黴菌和細菌增殖所需要的基質，從而抑制它們的增殖，並創造出其它有益微生物增殖的生存環境。放線菌和光合細菌混合後的淨菌作用比放線菌單兵作戰的殺傷力要大得多。它對難分解的物質，如木質素、纖維素、甲殼素等具有降解作用，並容易被動植物吸收，增強動植物對各種病害的抵抗力和免疫力。放線菌也會促進固氮菌和ＶＡ菌根菌增殖。

５、發酵系的絲狀菌群（嫌氣性）。以發酵酒精時使用的麴黴菌屬為主體，它能和其他微生物共存，尤其對土壤中酯的生成有良好效果。因為酒精生成力強，能防止蛆和其他害蟲的發生，並可以消除惡臭。