32座車站全部為地下站，分別是：七莘路站、虹莘路站、顧戴路站、東蘭路站、虹梅路站、虹漕路站、桂林公園站、漕寶路站、龍漕路站、龍華路站、船廠路站、大木橋路站、嘉善路站、陝西南路站、南京西路站、漢中路站、曲阜路站、天潼路站、國際客運中心站、提籃橋站、大連路站、長陽路站、寧國路站、隆昌路站、內江路站、復興島站、利津路站、巨峰路站、楊高北路站、金京路站、申江路站和金海路站。軌道上海軌道交通規劃圖交通12號線工程所設的32座車站將先後與1、2、3、4、6、7、8、9、10、11、13號線及規劃中的15、16、18、19號線共16條線、19座站實現換乘，其中三線換乘站3座，兩線換乘站16座，是上海軌道交通基本網路中換乘僅次於4號環線的線路，全部為地下站，分別是七莘路站(與5號線延伸線換乘)、虹莘路站、顧戴路站(與規劃中的19號線換乘)、東蘭路站、虹梅路站、桂林公園站(與規劃中的15號線換乘)、漕寶路站(與1號線換乘)、龍漕路站(與3號線換乘)、龍華路站(與11號線換乘)、船廠路站(與7號線換乘)、大木橋路站(與4號線換乘)、嘉善路站(與9號線換乘)、陝西南路站(與1號線、10號線換乘)、南京西路站(與2號線、13號線換乘)、漢中路站(與1號線、13號線換乘)、曲阜路站(與8號線換乘)、天潼路站(與10號線換乘)、國際客運中心站、提籃橋站、大連路站(與4號線換乘)、長陽路站(與規劃中的18號線換乘)、寧國路站、隆昌路站、內江路站、復興島站、利津路站、巨峰路站(與6號線換乘)、楊高北路站、金京路站、申江路站(與規劃中的19號線換乘)和金穗路站(與9號線延伸線換乘)。